生信分析中的转录因子数据库有哪些?
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各位小伙伴大家好,小果和大家又见面了,今天呢小果来给大家分享几个常用的转录因子数据库。小果下面的内容从以下方面展开:一是什么是转录因子,二是常用转录因子数据库。
一、什么是转录因子,它的作用是什么?
转录因子全称为transcription factor,简称TF,是一群能与基因5`端上游特定序列专一性结合,从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子。真核生物在转录时往往需要多种蛋白质因子的协助。一般这些促成转录起始所需的转录结构包括三个重要的组成部分,即亚基,聚合酶复合物和特异顺序。
转录因子是通过和顺式因子的互作来实现的。这段序列可以和转录因子的DNA结合域实现共价结合,从而对基因的表达起抑制或增强的作用。
二、常用的几个转录因子数据库
JASPAR数据库
可预测转录因子结合位点,
网址为:https://jaspar.genereg.net

Cistrome DB数据库
可展示转录因子的相关调控,
网址为:http://cistrome.org/db/

HOCOMOCO数据库
人与小鼠专用数据库,
网址为:https://hocomoco11.autosome.ru/

hTFtarget数据库
人类TF-target数据库,网址为:
http://bioinfo.life.hust.edu.cn/hTFtarget#!/

以上就是小果的分享,转录因子数据库有很多,小果列了些自己常用的一些数据库,供各位伙伴参考,同时也欢迎各位果粉提问留言。

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