小云三分钟带你熟悉discovery studio操作分子对接和展示

Discovery Studio广泛应用于计算化学和分子建模领域，用于药物发现和材料科学研究。Discovery Studio提供了各种工具和功能，用于执行与药物设计、蛋白质建模和模拟相关的计算任务。

Discovery Studio提供了分子对接、虚拟筛选和结构基设计等工具。这些工具有助于识别和优化潜在的药物候选物，分子建模，分子动力学模拟，生物信息学分析。

Discovery Studio是一款功能强大的软件套件，适用于药物研发、蛋白质研究和分子建模等领域。它提供了丰富的工具和功能，帮助科学家在计算环境中进行各种与分子相关的计算和模拟任务。下面就带大家快速掌握蛋白受体和配体小分子的对接方法吧。

1首先打开小分子文件，最上面一栏选small molecules ->prepare ligands 右键点view->graphics

注意侧边栏和图像的交接处有个小三角，点击它出现列表信息，打上勾。

2打开大分子文件

左上角file->open->打开蛋白受体文件，点击小箭头，查看列表信息，如果有配体文件就移除右键cut，水分子也一样要移除掉。

然后我们选择最上面一栏的chemistry->HYDROGENS->add添加氢

 添加氢原子前后对比图

然后我们点击左上角mancromolecules->prepare protein ->clean protein

3接着我们选择球体范围Receptor ligand interactions -> view interactions-> define receptor:我们的大分子蛋白文件

Deine and Edir Binding Site->Define site->from receptor cavities 出现球体后，我们左键点击球体使其变成黄色，右键最后一项attributes of SBD，将radius半径设置为能把小分子的范围全部包住。

4分子对接

Receptor ligand interactions-.>dock ligands ->dock ligands->把input ligands设置成所需要的小分子（即第一步设置的小分子）等待对接。

完成之后，我们可以将其保存，然后打开左侧将某个想要的小分子打钩，左键圈出，右键copy

 左上角new新建，然后粘贴上去，左侧小三角栏中将小分子拖到cell中使其合并，然后保存。注意格式选择pdb（protein data bank files）

5如果我们想查看结合位点的情况下，可以点击Receptor ligand interactions->view interactions->ligand interactions

 对文章中我们经常会看到一些2D图的位点结合情况，点击show 2D digram，放大2D图

Discovery Studio提供了强大的分子可视化和分析工具，帮助你可视化和分析分子结构、配体和蛋白质相互作用等。你可以生成高质量的分子结构图、表面图和云图，并使用各种分析工具进行结构和性质分析。

最后小云提醒大家注意哈，在写文章引用discoverory时候付费软件都需要版权，当然我们去使用开源的AutoDock，也能分子对接。后续我会给大家出几期autodock的分子对接方法。以上就是小云分享的部分操作内容，更多精彩后续我们继续发掘。