前言

　　在用Gaussian对分子做结构优化之前，可以先用“Clean”功能“预优化”自己绘制的结构，这样可以大大减少后续计算量。

1. 操作实例

　　以色氨酸（Trp）为例，用“Biological Fragment”功能绘制结构并补全残基之后：

　　右击——Edit——Clean

　　则如图1左侧结构就变成了右侧结构，可以看出结构发生了变形。可以多点几次“Clean”进行优化。

2. Materials Studio的相同功能

　　MS软件同样也有“Clean”功能，如图2所示。同样的，可以多点几次“Clean”直至构型不再发生明显改变。