6大药敏性分析数据库大汇总，助力肿瘤相关生信分析！/SCI论文/科研/研究生/生信分析热

免疫治疗反应和药敏性分析现在已经成为肿瘤相关生信的固定内容了，免疫治疗反应分析一般会用到免疫治疗队列或者一些免疫相关评分（比如TIDE、IPS），化疗药敏性分析会相对简单一些，通常会用到一些数据库（ps：化疗药敏性分析有各种数据库的支持，分析门槛低一些，所以生信文章中做化疗药敏性分析的比较普遍，而免疫治疗反应预测会相对少一些）

那生信里常用的药敏性分析数据库都有哪些呢？

看完小云的数据库汇总就知道啦~ ~

p GDSC数据库

数据库简介：药物敏感性基因组学项目(GDSC)是关于癌症细胞药物敏感性和药物反应分子标记的数据库，GDSC提供了一个独特的资源，结合了药物敏感性和基因组数据集，以促进发现新的治疗生物标志物的癌症治疗。该数据库中的癌基因组突变信息包括癌基因点突变、基因扩增与丢失、组织类型以及表达谱等，数据库已经对1000 种人类癌细胞系进行了表征，并用100 多种化合物对其进行了筛选。GDSC是个开源、免费的在线数据库，网址为https://www.cancerrxgene.org/

p Cell Miner数据库

n 数据库简介：CellMiner数据库，主要是通过国家癌症研究所癌症研究中心(NCI)所列出的60种癌细胞为基础而建立的。NCI-60细胞系是目前使用最广泛的用于抗癌药物测试的癌细胞样本群。CellMiner是一个免费的在线工具，为广泛研究的 NCI-60 癌细胞组的分子和药理学特征数据提供一站式资源，包括DNA、RNA、蛋白质和药理学水平的多种分子特征。网址为https://discover.nci.nih.gov/cellminer/home.do 

p CTRP数据库

n 数据库简介：癌症治疗反应门户（The Cancer Therapeutics Response Portal，CTRP)将癌症细胞系的遗传、谱系和其他细胞特征与小分子敏感性联系起来，目的是加速发现与患者匹配的癌症治疗方法。数据库生成了一个由 481 个小分子探针和药物组成的“Informer Set”，它们选择性地靶向细胞通路中的不同节点，并共同调节广泛的细胞过程，定量测量了 860 种深度表征的癌细胞系对 Informer Set 化合物的敏感性，并进行了将敏感性与癌症特征联系起来的分析，包括突变、基因表达、拷贝数变异和谱系。网址为http://portals.broadinstitute.org/ctrp/ 

p CMAP数据库  

n 数据库简介：Connectivity map (简称CMAP)，是由Broad研究所开发建构，该数据库基于164种药物/小分子化合物和过表达或基因敲除工具处理的细胞表达谱数据，借助L1000分析平台，探讨药物/小分子化合物、基因和疾病状态之间的交互网络关系。实际应用中，可将差异表达基因列表上传cMap与数据库参考基因集比对，根据差异表达基因在参考基因集富集情况获得相关性分数，数值在-100~100之间，正数表示差异表达基因与参考基因集正相关，负数差异表达基因与参考基因集负相关。网址为：https://clue.io/ 

p GSCALite在线分析平台

n 数据库简介：GSCALite 是一个基于web的基因集癌症分析平台。GSCALite整合了来自TCGA 的 33 种癌症类型的癌症基因组学数据、来自GDSC 和 CTRP的 药物反应数据以及来自GTEx的正常组织数据，用于基因集分析的一体化数据分析工作流程。分析完成后，用户可以将所有结果和数据下载为交互式 HTML 报告。网址为http://bioinfo.life.hust.edu.cn/web/GSCALite/ （ps：GDSC、CTRP、CAMP等数据在生信分析中通常会被下载下来，再用R包分析。但这个在线平台是整合上面多个数据库的数据，可以直接零代码在线完成各种药敏性分析，非常好用哦）

p Drug Bank数据库

n 数据库简介：DrugBank 是一个全面的、免费访问的在线数据库，包含有关药物和药物靶点的信息。将详细的药物（即化学、药理学和药学）数据与全面的药物靶点（即序列、结构和途径）信息相结合，结果都是有实验验证过的，真实可靠的生物信息学和化学信息学数据库。网址：https://go.drugbank.com/ 

p 结语

看完小云分享的6个数据库，你对药敏性分析心中有数了吗？简单来说，如果想用R包分析，可以下载GDSC、CTRP、CAMP等多个数据库中的数据来综合分析，比较适合生信分析熟手；如果想用更简单的方法，推荐使用GSCALite在线分析平台，直接分析出图，操作更简单，更适合新手小白！