关于Rosetta的那些事

Rosetta 从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用

一. 从蛋白质折叠到蛋白质设计

教学目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。  

1 蛋白质折叠与结构预测简介

1.1 主链二面角与二级结构

1.2 侧链堆积与三级结构

2 蛋白质设计简介

2.1 蛋白质设计的分类及应用

二.  Rosetta基础 

三. 蛋白质结构viewer 、Linux和Python基础

教学目标：能够使用vim编辑器简单编辑文件，能够使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白质结构。 

3 Pose/mover/scorefunction

4 LINUX 入门命令

4.1 用户属组及权限 目录文件属性

4.2 LINUX基础命令 环境变量

4.3 shell常用命令练习

4.4 conda介绍

四． 结构扰动与结构优化

五．序列设计

PackRotamer和FastDesign

教学目标：了解Rosetta封装好的应用（以relax为例）和RosettaScript编写应用（以pack/min/pack为例）。

5.Minmover,    MC Mover, Fastrelax mover

5.1 Movemap

6.RosettaScript组成和要素

6.1 Filter ResidueSelector 

TaskOperation

6.2 DSSP/Disulfidize Mover

六. 蛋白-蛋白对接基础

  教学目标：了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。 

7 Translat和rotation mover

7.1 Low resolution的全局搜索

7.2 High resolution的精细调整

7.3 FoldTree

七. 抗体设计

教学目标：熟悉抗体模型预处理流程, 掌握RAbD常用命令 

8 抗体结构文件的处理

8.1 PyIgClassify

8.2 抗体抗原对接模型

8.3 CDR区优化

8.4 Framework区优化

案例实践：

 SSD和MSD设计任务

八. CartisenDDG 突变扫描 

九. RosettaScript应用

教学目标：熟悉RosettaScript开发流程，了解序列与结构设计原理，完成从头蛋白质设计的操作练习。 

9 序列与结构设计

9.1 Input和Output flags控制输入输出

9.2 CleanAtom结构预处理

9.3 ROSETTACLASH.LOG和   RosettaCommons

9.4 ResFile等辅助文件

9.5 小改中改与大改

9.6 练习答疑

案例实践：

 FastDesign设计任务

想要了解的可以私信哦