欧易生物生物信息分析——IGV快速上手教程

2022-03-23 10:19 作者:上海欧易生物 0人读过 | 我要投稿

前不久，咱们给老师们介绍过基因表达可视化的多种实现方式，有windows操作的IGV，也有Linux环境下使用的工具。很快小欧在后台收到很多老师的需求，希望有更详细IGV教程。于是小欧马不停蹄赶工出来，咱们一起来看看吧~

IGV介绍

1、简介：Integrative Genomics Viewer (IGV) 是一种高性能、易于使用的交互式工具，用于对基因组数据进行可视化探索。它支持所有常见类型的基因组数据和metadata的灵活集成。

2、功能：IGV支持各种各式的大型数据集的可视化，包括二代测序，芯片测序数据和基因组数据等。例如，查看转录组数据不同区域的Reads丰度，不同样本的基因表达差异，查找SNP位点，查看甲基化，查看基因结构信息。

IGV 软件安装

官网下载即可，推荐使用内置java版本,以方便安装，如下图：

IGV 有下载文件的需求，所以要通过网络访问权限哦，然后根据提示一步步安装即可。

下载好的IGV主窗口如下：

IGV软件界面介绍

1、设置放大倍数，设置在5-8之间可以比较清晰的查看reads的分布状况，也可以通过双击选中区域进行放大；

2、Fa 文件栏，显示物种的Fasta文件，也就是基因组文件;

3、Read coverage: reads的覆盖度，准确表现该次测序reads的覆盖度；

4、样品bam文件：本次测序的reads经与参考基因组比对后的结果，可得到其在染色体上的分布情况；

5、Sequence：注释文件的核酸序列信息；

6、GTF注释文件的注释信息，此列展示注释文件中的基因及外显子的信息

7、选择参考基因组，IGV上已有一部分物种基因组。

8、可以选择基因组染色体，是一条还是全部。

9、显示特定位点或特定基因，可对关注的基因及基因集进行直接搜索。

查看转录组的比对数据

1、导入基因组

既可以导入IGV自带的参考基因组文件，也可以从本地导入已下载好的参考基因组文件。

导入IGV自带的基因示例：

可在基因组选择框中选择自己数据对应的基因组，或下拉框中输入关键词选择对应的基因

从本地导入已下载好的参考基因组示例：

从本地导入基因组文件的同一路径，还要准备好基因组的gtf注释文件或者gff注释文件，基因组文件通过Genomes→Load Genome from File... 加载，注释文件需要通过File→ Load from File... 加载；加载注释文件过程中会有提示需要建立gff文件的索引，可根据提示操作即可。