菜鸟博士

Pymol学习笔记（一）：软件安装

Pymol是一款用python编写的蛋白质高级结构分析软件。这个软件功能十分强大，可以对于pdb格式的蛋白质文件进行一些基本处理。可以模拟一些蛋白质和其他小分子的互作状态，可以测试蛋白质点突变之后对于整个结构的影响，还可以绘制一些需要的“概念图”用于组会汇报或者论文撰写。总之是一个十分有力的工具，这里我就分享一下我的学习笔记。

1.anaconda安装

如果你电脑上仍旧未安装python，则可以用anaconda进行安装，可以解决很多手动安装中的麻烦。

anaconda官网：https://www.anaconda.com/

anaconda是一款商业化极强的软件，但是仍旧有免费科研用版本，可以在如图位置下载。

anaconda的个人版本是免费开源的

在这个界面的最下面就可以根据自己电脑的系统选择不同的版本。

anaconda支持三个主流系统

anaconda会帮助你安装目前python作者认为最好的python版本，并且装载了很多预装软件，比如次次安装需要用到的pip，如果后续步骤找不不到pip了，建议重装anaconda。直接用就可以啦。并且anaconda还会自动装载Jupyter和Spyder，两个轻量化的、功能足够用的IDE。

2. 安装pymol

pymol官方网址：https://www.pymol.org/pymol.html?

pymol是一款商业开发软件，但是其仍旧有着用于学术的免费开源版本，被作者放在了github上（https://github.com/schrodinger/pymol-open-source）。这种开源的python拓展工具包可以到加州大学欧文分校 Christoph Gohlke实验室做的一个非官方python拓展工具下载网站（https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/）下载。

python拓展工具下载网址

由于pymol是极其依赖于python环境的，所以我们要下载和自己电脑安装的python版本相符合的版本。在电脑命令行中输入python查看电脑安装的python版本。

我的电脑安装的是python3.8

在刚刚的网站中找到合适自己python版本的whl文件，下载到本地即可。

如前所说，只有官方付费版才有最新最全的使用文档。PyMOLWiki是一个学习的地方，还有比较老的（2004）用户手册可以在这找到

PyMOL Users Manualpymol.sourceforge.net/newman/user/toc.htmlpymol.sourceforge.net/newman/user/toc.html

如果这个打不开的话，pdf版的可以在下面链接找到。

pymol 知道多少？pymol技巧汇总（内附PDF手册）blog.sciencenet.cn/blog-355217-279196.htmlblog.sciencenet.cn/blog-355217-279196.html

软件分为2.5.0版本和2.4.0版本，都可以的，cp后面的值对应着python版本

在D:\ProgramData\Anaconda3文件中新建了一个pymol文件夹，将下载好的whl文件拷贝进入这个地址。

1.通过网址下载Pymol的wheel文件以及必须的wheel文件

（https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol-open-source）

2.将下载好的三个文件放在一个英文路径下的文件夹中，在目录下进入cmd界面，依次输入：

C:\Python27\python.exe -m pip install C:/pymol/numpy-1.16.6+mkl-cp27-cp27m-win_amd64.whl

出现successfully installed字样说明安装成功

3. 本地安装

在下载了.whl安装文件的文件夹中，shift+鼠标右键，打开Powershell窗口。命令行输入“pip install pmw”。如果执行不成功，建议检查网络连接或者直接在任何一个cmd窗口中输入这条指令。

接着输入“pip install pymol-2.4.0a0-cp38-cp38m-win_amd64.whl”（这里是文件名字）。执行结束，即安装完成。

最后建议创建一个快捷方式，形成桌面图标。在Anaconda3\Scripts文件夹中找到pymol.exe执行文件，并创建快捷方式。如果不想让桌面太乱，打开软件只需要在cmd中输入pymol指令即可。

打开软件的指令

软件的首页界面

如果出现了上述的可视化界面，就说明软件安装成功，可以开始自己探索啦！！