小云来教你巧妙利用Xena下载TCGA数据

各位小伙伴大家好，小云和大家又见面了，今天呢小云来教大家如何利用Xena下载TCGA数据。小云下面的内容将从以下方面展开：什么是TCGA数据库，利用Xena下载TCGA数据。

1. 什么是TCGA数据库？

TCGA全称为The Cancer Genome Atlas，中文名称为癌症基因组图集，它是一个具有里程碑意义的癌症基因组学项目，对20,000多种原发性癌症进行了分子表征，并匹配了横跨33种癌症类型的正常样本。除此之外还有多组学数据，包括基因表达数据、拷贝数变异、DNA甲基化等数据数据库地址为：https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/research/structural-genomics/tcga。

2. 利用Xena下载TCGA数据

关于TCGA数据下载，在这里小云以下载肝癌LIHC数据的基因表达数据，临床数据和生存数据为例进行数据下载。
第一步：进入Xena网站首页，地址为：http://xena.ucsc.edu/，依次点击launch Xena，DATA SETS,到达数据集页面。

第二步：选取肝癌数据集，如下所示，点击进入TCGA Liver Cancer（LIHC）数据集。

第三步：在LIHC中选择自己想要下载的数据，比如说下载基因表达数据，点击gene expression RNAseq下的IlluminaHiSeq (n=423) TCGA Hub，数据就会自动开始下载了。

再比如说下载临床数据和生存数据，找到phenotype，可以看到有生存数据：Curated survival data (n=438) TCGA Hub和临床数据：Phenotypes (n=438) TCGA Hub，点击就可以直接下载。

以上呢就是小云使用Xena下载TCGA数据的分享，小伙伴们快去试试吧。