欢迎光临散文网 会员登陆 & 注册

CheckCIF-PLAT161-170

2020-05-10 10:19 作者:DJ_Tokyo  | 我要投稿

PLAT161 Type_4 Missing x-coordinate s.u.

Missing or Zero s.u. (esd) on x-coordinate. Positional parameters for all non-hydrogen atoms in general positions are checked for the presence of a non-zero s.u. on them. This includes parameters fixed to fix the origin in polar space-groups which is no longer necessary when refinement is done with modern programs (e.g. SHELXL, XTAL).

x坐标的标准偏差(s.u.)(或估计标准偏差esd, estimated standard deviation)缺失或为0。检查所有处于一般位置的非氢原子的位置参数是否存在非零标准偏差(s.u.)。这包括用于固定极性空间群中原点的固定参数,当使用现代程序(例如SHELXL、XTAL等)进行精修时,就不再需要这些参数。

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT161.html)

警告原因:x坐标的标准偏差(s.u.)(或估计标准偏差esd, estimated standard deviation)缺失或为0。

解决策略:一般不会出现,用SHELXL精修重新生成CIF文件即可。

PLAT162 Type_4 Missing y-coordinate s.u.

Missing or Zero s.u. (esd) on y-coordinate. Positional parameters for all non-hydrogen atoms in general positions are checked for the presence of a non-zero s.u. on them. This includes parameters fixed to fix the origin in polar space-groups (e.g. P21) which is no longer necessary when refinement is done with modern programs (e.g. SHELXL, XTAL).

y坐标的标准偏差(s.u.)(或估计标准偏差esd, estimated standard deviation)缺失或为0。检查所有处于一般位置的非氢原子的位置参数是否存在非零标准偏差(s.u.)。这包括用于固定极性空间群(例如P21)中原点的固定参数,当使用现代程序(例如SHELXL、XTAL等)进行精修时,就不再需要这些参数。

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT162.html)

警告原因:y坐标的标准偏差(s.u.)(或估计标准偏差esd, estimated standard deviation)缺失或为0。

解决策略:一般不会出现,用SHELXL精修重新生成CIF文件即可。

PLAT163 Type_4 Missing z-coordinate s.u.

Missing or Zero s.u. (esd) on z-coordinate. Positional parameters for all non-hydrogen atoms in general positions are checked for the presence of a non-zero s.u. on them. This includes parameters fixed to fix the origin in polar space-groups (e.g. P41) which is no longer necessary when refinement is done with modern programs (e.g. SHELXL, XTAL).

z坐标的标准偏差(s.u.)(或估计标准偏差esd, estimated standard deviation)缺失或为0。检查所有处于一般位置的非氢原子的位置参数是否存在非零标准偏差(s.u.)。这包括用于固定极性空间群(例如P41)中原点的固定参数,当使用现代程序(例如SHELXL、XTAL等)进行精修时,就不再需要这些参数。

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT163.html)

警告原因:z坐标的标准偏差(s.u.)(或估计标准偏差esd, estimated standard deviation)缺失或为0。

解决策略:一般不会出现,用SHELXL精修重新生成CIF文件即可。

PLAT164 Type_4 Check for Refined C-H H-Atoms

Warning: Refined C-H H-atoms in heavy-atom structure (i.e. containing an element beyond element #18). Such H-atoms are in general better refined at calculated positions riding on the atoms they are attached to. A better data over parameter ratio will be achieved.

警告:重原子结构(即包含原子序数大于18的元素)中所精修的C-H类型的氢原子。一般来说,当这种氢原子骑在它们所连接原子的计算位置上时会得到更好的精修结果。这样可以获得更好的数据参数比。

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT164.html)

警告原因:重原子结构中存在C-H类型的氢原子。

解决策略:一般不会出现,对C-H类型的氢原子采用理论加氢即可。

PLAT165 Type_3 Check for R-flagged Non-H Atoms

Report on restrained (riding) Non-Hydrogen atoms. Note: This may lead to non meaningfull bond and angle s.u.'s (ALERTS _751, _752). R-flagged atoms may arise unintentional being caused by an "AFIX 0" line being missing in a shelxl.ins file (SHELXL-97 refinement). Alternatively, the number of refined parameters may have been limited deliberately (e.g. by refinement of C-F with fixed known geometry, similar to C-H) in order to keep the data/parameter ratio acceptable.

报告被限制的(骑式)非氢原子。注意:这可能会导致无意义的键长和键角的标准偏差(警告_751、_752)。带有R标记的原子可能是由于shelxl.ins文件(由SHELXL-97精修程序所产生)中不小心缺失"AFIX 0"行所产生。或者,为了使数据/参数比保持在可接受范围内,可以故意限制精修参数的数量(例如,通过固定已知几何结构的C-F键长,类似于C-H键)。

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT165.html)

警告原因:结构中存在R标记原子。

解决策略:有合理解释即可。

PLAT166 Type_4 Check for calc flagged atoms with s.u.'s on coordinates

Calc-flagged atoms are not supposed to carry s.u.'s on their coordinates.

带有Calc标记的原子,其坐标不应具有标准偏差(s.u.)。

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT166.html)

警告原因:带有Calc标记的原子其坐标具有标准偏差。

解决策略:一般不会出现,将其标准偏差改为0即可。

PLAT169 Type_4 Check for AFIX 1 Record(s) in CIF-Embedded shelxl.res

The use of 'AFIX 1' record(s) in the SHELXL .res file should be documented in the experimental section of the associated publication.

在SHELXL .res文件中使用'AFIX 1'的记录应标注于有关出版物的实验部分。

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT169.html)

警告原因:使用了'AFIX 1'。

解决策略:有合理解释即可。

PLAT170 Type_4 Check for sufficient data in in Atom data loop

Insufficient data encountered in coordinate loop. A possible cause might be the use of a SHELX style '=' continuation line.

坐标循环中遇到数据不足。一个可能的原因是使用了SHELXL式样的续行符号'='。

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT170.html)

警告原因:坐标循环中数据不足。

解决策略:一般不会出现,重新精修生成CIF即可。


CheckCIF-PLAT161-170的评论 (共 条)

分享到微博请遵守国家法律