关于MDP文件参数的翻译
本文的mdp文件选自gromacs官方教程。里面的参数只为了自己对gromcas有更深入的理解。
这里用的只是比较粗暴的谷歌翻译。望大佬指正
ions.mdp
; ions.mdp - used as input into grompp to generate ions.tpr
; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
integrator = steep ; 算法（陡峭=最速下降最小化）
emtol = 1000.0 ;当最大力 < 1000.0 kJ/mol/nm 时停止最小化
emstep = 0.01 ;最小化步长
nsteps = 50000 ; 要执行的最大（最小化）步骤数
; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
nstlist = 1 ; 更新邻居列表和远程力场的频率
cutoff-scheme = Verlet ; 缓冲邻区搜索
ns_type = grid ; 确定邻居列表的方法（简单、网格）
coulombtype = cutoff ; 长程静电相互作用的处理
rcoulomb = 1.0 ; 短程静电截止点
rvdw = 1.0 ; 短程范德瓦耳斯截止点
pbc = xyz ; 所有三维空间的周期性边界条件
nvt.mdp
title = OPLS Lysozyme NVT equilibration
define = -DPOSRES ; position restrain the protein
; Run parameters
integrator = md ; leap-frog integrator
nsteps = 50000 ; 2 * 50000 = 100 ps
dt = 0.002 ; 2 fs
; Output control
nstxout = 500 ; 每 1.0 ps 保存一次坐标
nstvout = 500 ;每 1.0 ps 保存一次速度
nstenergy = 500 ; 每 1.0 ps 保存一次能量
nstlog = 500 ;每 1.0 ps 更新一次日志文件
; Bond parameters
continuation = no ; 首次动力学运行
constraint_algorithm = lincs ; 整体性约束
constraints = h-bonds ; 涉及 H 的键受到约束
lincs_iter = 1 ; LINCS的准确性
lincs_order = 4 ; 也和准确度有关
; Nonbonded settings
cutoff-scheme = Verlet ; 缓冲邻域搜索
ns_type = grid ; 搜索相邻的网格单元
nstlist = 10 ; 20 fs，与 Verlet 基本无关
rcoulomb = 1.0 ; 短程静电截止点（单位：纳米）
rvdw = 1.0 ; 短程范德瓦耳斯截止点（纳米）
DispCorr = EnerPres ; 计算截止 vdW 方案
; Electrostatics
coulombtype = PME ; 用于长距离静电的粒子网格 Ewald
pme_order = 4 ; 立方插值
fourierspacing = 0.16 ; FFT 的网格间距
; Temperature coupling is on
tcoupl = V-rescale ; modified Berendsen thermostat
tc-grps = Protein Non-Protein ; 两个耦合组 - 更精确
tau_t = 0.1 0.1 ; 时间常数，单位为 ps
ref_t = 300 300 ; 参考温度，每组一个，单位为K
; Pressure coupling is off
pcoupl = no ;NVT 无压力耦合
; Periodic boundary conditions
pbc = xyz ; 3-D PBC
; Velocity generation
gen_vel = yes ;根据麦克斯韦分布分配速度
gen_temp = 300 ; 麦克斯韦分布温度
gen_seed = -1 ; 生成一个随机种子
npt.mdp
title = OPLS Lysozyme NPT equilibration
define = -DPOSRES ; position restrain the protein
; Run parameters
integrator = md ; leap-frog integrator
nsteps = 50000 ; 2 * 50000 = 100 ps
dt = 0.002 ; 2 fs
; Output control
nstxout = 500 ; 每 1.0 ps 保存一次坐标
nstvout = 500 ; 每 1.0 ps 保存一次速度
nstenergy = 500 ; 每 1.0 ps 保存一次能量
nstlog = 500 ; 每 1.0 ps 更新一次日志文件
; Bond parameters
continuation = yes ;NVT 后重新启动
constraint_algorithm = lincs ; 整体性约束
constraints = h-bonds ; 涉及 H 的键受到约束
lincs_iter = 1 ; LINCS 的准确性
lincs_order = 4 ;也和准确度有关
; Nonbonded settings
cutoff-scheme = Verlet ; 缓冲邻区搜索
ns_type = grid ; 搜索邻近网格单元
nstlist = 10 ; 20 fs，与 Verlet 方案基本无关
rcoulomb = 1.0 ; 短程静电截止（以纳米为单位）
rvdw = 1.0 ; 短程范德瓦耳斯截止点（纳米）
DispCorr = EnerPres ; 计算截止 vdW 方案
; Electrostatics
coulombtype = PME ;用于长距离静电的粒子网格 Ewald
pme_order = 4 ; 立方插值
fourierspacing = 0.16 ; FFT 的网格间距
; Temperature coupling is on
tcoupl = V-rescale ; 改进的 Berendsen 恒温器
tc-grps = Protein Non-Protein ;两个耦合基团 - 更准确
tau_t = 0.1 0.1 ; 时间常数，单位为 ps
ref_t = 300 300 ; 参考温度，每组一个，单位为K
; Pressure coupling is on
pcoupl = Parrinello-Rahman ;NPT 压力耦合
pcoupltype = isotropic ; 盒向量的均匀缩放
tau_p = 2.0 ; 时间常数，单位为 ps
ref_p = 1.0 ; 参考压力，单位为 bar
compressibility = 4.5e-5 ; 水的低温压缩性，bar^-1
refcoord_scaling = com
; Periodic boundary conditions
pbc = xyz ; 3-D PBC
; Velocity generation
gen_vel = no ; 速度生成关闭
一般来说，完整的gromacs流程包括：
生成蛋白结构拓扑 ——> 定义容器并加水 ——> 给体系加离子 ——> 体系能量最小化 ——> nvt与npt平衡 ——> 正式的动力学模拟 ——> 模拟结果分析
