时空日报 | Science：SPP1+巨噬细胞为心房颤动免疫治疗的潜在靶点

大家好，欢迎观看《时空日报》第14期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计6篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。

1、募集的巨噬细胞引发心房颤动

Recruited macrophages elicit atrial fibrillation

Science (New York, N.Y.); IF: 56.900; DOI: 10.1126/science.abq3061

内容概要：通过scRNA-seq分析，发现了心房颤动中炎性单核细胞和SPP1+巨噬细胞的扩增。结合细胞-细胞相互作用分析，发现SPP1是一种多效信号，其通过与局部免疫细胞和基质细胞的串扰促进心房颤动，并确认SPP1+巨噬细胞可作为心房颤动免疫治疗的靶点。

2、iSMOD：基于图像的单细胞多组学数据的综合浏览器

iSMOD: an integrative browser for image-based single-cell multi-omics data

Nucleic Acids Research; IF: 14.900 ; DOI: 10.1093/nar/gkad580

内容概要：介绍了一种名为iSMOD的综合浏览器，用于收集和浏览基于DNA和RNA荧光原位杂交的基因组和转录组图像数据，以及与核蛋白质相关的蛋白质组数据，以揭示基因调控与染色质、mRNA和关键蛋白质的空间位置之间的关系。iSMOD整合了来自20,000多篇已发表论文的多组学研究，是揭示疾病分子靶点、探索生物现象背后的工作机制以及在虚拟细胞核中整合3D多组学数据的重要工具。

3、MSI高转移性结直肠癌的转录组标志物预测免疫检查点抑制剂的疗效

Transcriptomic signatures of MSI-high metastatic colorectal cancer predict efficacy of immune checkpoint inhibitors

Clinical Cancer Research; IF: 11.500; DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-22-3964

内容概要：通过对两组接受免疫检查点抑制剂（immune checkpoint inhibitors，ICI）治疗的微卫星不稳定性（microsatellite instability，MSI）转移性结直肠癌（metastatic colorectal cancers，mCRC）患者队列（探索性：N=103，验证性：N=35）进行3'RNAseq分析，发现三组具有不同肿瘤微环境细胞组成和肿瘤微环境/肿瘤细胞增殖能力的MSI mCRCs，其中“stromalHIGH-proliferationLOW”细胞簇与ICI治疗预后不良相关。

4、TLR2在巨噬细胞和体内对结核分枝杆菌的群体和亚群体反应中是非冗余的

TLR2 is non-redundant in the population and subpopulation responses to Mycobacterium tuberculosis in macrophages and in vivo

mSystems; IF: 6.400; DOI: 10.1128/msystems.00052-23

内容概要：采用无偏见的方法来确定宿主对结核分枝杆菌反应的最核心途径，研究了纯化的结核分枝杆菌产品或活细菌感染如何不同地触发个体途径，并考虑这些途径如何在细胞培养和感染小鼠中通知亚群反应的出现。了解个体相互作用和免疫途径如何促进结核病中的炎症，为开发精确的治疗干预措施铺平了道路。

5、骨肉瘤肺转移中免疫抑制微环境的新见解

A new insight of immunosuppressive microenvironment in osteosarcoma lung metastasis

Experimental Biology and Medicine (Maywood, N.J.); IF: 3.200; DOI: 10.1177/15353702231171900

内容概要：对先前已发表的包含来自2例骨肉瘤肺转移和5例正常肺组织的75,317个细胞的scRNA-seq数据进行进一步的生物信息学分析，发现骨肉瘤肺转移具有高度的肿瘤内异质性，其中巨噬细胞没有明显的M1或M2极化。T细胞是所有细胞簇中最丰富的，CD8+T细胞在骨肉瘤肺转移中表达的免疫检查点水平较低。此外，CD63可能在决定T细胞和恶性细胞在常规型骨肉瘤肺转移中的浸润方面发挥着重要作用。最后，该研究揭示了恶性细胞亚簇C1_Therapeutic cluster对氧嘧啶-KIAA0907和美托伐他汀-KIAA0907敏感。

6、单细胞转录组分析鉴定与主要肝癌亚型相关的新生物标志物

Single-cell transcriptome analysis identifies novel biomarkers involved in major liver cancer subtypes

Functional and Integrative Genomics; IF: 2.900; DOI: 10.1007/s10142-023-01156-3

内容概要：结合来自肝细胞癌（hepatocellular carcinoma ，HCC）、肝内胆管癌（intrahepatic cholangiocarcinoma，ICC）和健康scRNA-seq数据集的51,927个单细胞，系统地表征了肝癌亚型的肿瘤异质性。通过细胞间通讯分析，揭示了HCC中T细胞与NK细胞之间的关键相互作用，以及ICC中平滑肌细胞与上皮细胞之间的相互作用。此外，SOX4和DTHD1是HCC中的top差异表达基因（DEGs），而角蛋白和CCL4是ICC中的top DEGs。DEGs的富集分析显示，HCC中的主要上调基因影响蛋白质折叠机制，而ICC中的主要上调基因改变了涉及细胞粘附的通路。

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