Cytoscape操作指南
首先，在https://cytoscape.org/网站下载cytoscape软件并安装好，注意本软件需要安装java
其次，获取基因间相互关系的数据，以本文为例，通过WGCNA获取不同基因间共表达的数据，数据的格式见下图（可以只保留前三项）
（1）导入数据
通过“Import-Network from File”选项卡导入文件
（2）标记列属性
软件读取文件后，需要标记每列的属性
其中一列为source Node，一列为Target Node，还有一列为Edge Atrribute
（3）网络属性计算
选择利用软件自身带的算法计算网络的相关属性，这部分内容可以用于后续计算边和点的属性
（4）按自定义属性对网络中的点进行分组
首先，将准备好的分组文件导入其中，其中图1中的DEG_group3.txt文件内容为图2，每列之间以制表符进行分割
导入文件后，会弹出下列窗口，注意，需要将下图的复选框留空
最后，通过“Group Attributes Layout-All Nodes-color2”选项根据分组文件中color中自定义的属性（一般是以相同的名字为一组）将不同组node分开
即可得到下面这种分组图形，其中每一组以圆形进行展示，图1-9对应“color2”中的不同分组
（5）单组nodes编辑
在分组完成后，用Ctrl并按住鼠标右键即可选择你想选择的分组nodes，即可对每一组进行自定义操作。当然，如果需要也可以点击一个个的点进行操作。
注意，右下角的这三个需要全部标蓝，这样方便操作。
最终附上官方网页绘制好的cytoscape图
三 惯例小结
另外，进一步推广一下我开发的相关软件，Multi-omics Hammer软件和Multi-omics Visual软件。文末是本公众号在其他平台的账户，也欢迎大家关注并多提意见。简书：WJ的生信小院（已经开始更新啦）博客园：生信小院（开始更新啦）最后，也欢迎各位大佬能够在本平台上：1传播和讲解自己发表的论文；2：发表对某一科研领域的看法；3：想要达成的合作或者相应的招聘信息；4：展示自己以寻找博后工作或者博士就读的机会;5:博导提供博后工作或者博士攻读机会，都可以后台给笔者留言。希望本平台在进行生信知识分享的同时，能够成为生信分析者的交流平台，能够实现相应的利益互补和双赢（不一定能实现，但是梦想总得是有的吧）。
