Ginkgo与美国情报高级研究项目IARPA合作增强生物检测能力

"Ginkgo未来或将成为美国生物技术及制造产业的重要一环。"

作者：Emilia

编辑：tuya

美东时间2022年10月17日，美国合成生物平台Ginkgo Bioworks（DNA.US）宣布与美国情报界的研发部门：情报高级研究项目活动 (IARPA, The Intelligence Advanced Research Projects Activity)和美国非营利性工程创新公司Draper联合完成 IARPA 的“寻找工程相关指标” (FELIX, Finding Engineering-Linked Indicators) 计划。

该计划旨在增强和改进当前的生物检测和生物监视能力。目前用于检测生物工程迹象的方法通常成本高、速度慢，并且只能检测所有可能的基因修饰的一个子集。Ginkgo 与 IARPA 合作开发了一套初始计算工具，称为ENDAR（工程核苷酸检测和排序），可帮助训练有素的分析师识别下一代测序 (NGS) 数据集中的基因工程。

该软件旨在使科学家能够大规模检测工程 DNA。ENDAR 工具和方法旨在针对可能在复杂、多物种环境中发现的一系列生物有机体工作，可以对工程生物体的存在提供早期警报，并帮助加快适当的反应，从而减轻不利后果。

在《Ginkgo Bioworks宣布与默克公司合作改善药物成分制造工程，潜在收入高达1.44亿美元》中，《财经涂鸦》曾经提及，在疫情影响下，“逆全球化”的风险加剧，《财经涂鸦》认为，Ginkgo未来或将成为美国生物技术及制造产业的重要一环，实现美国将生物产业由离岸外包转向本土制造的愿景，而不仅仅只是一家以商业化盈利为目的的合成生物平台。

Draper 开发了一个新的实验平台，以帮助检测和识别样本何时包含基因工程生物系统。根据与 IARPA 的合同，Draper 对 FELIX 的贡献包括开发基于实验室的基因测试、定制的生物信息学管道，将 DNA 测序数据和小型化微阵列硬件关联起来，所有这些都旨在表征否则无法检测到的基因工程。潜在应用包括生物威胁检测、环境监测和食品检验。

该活动将设有一个小组，参与者包括 IARPA 主任 Catherine Marsh；IARPA 项目经理 David A. Markowitz；Ginkgo Bioworks 设计主管 Joshua Dunn；Draper 首席科学家和机器智能组负责人 Laura Seaman；和Draper生物微系统集团技术人员高级成员Erin Rosenberger。

IARPA 项目经理 David A. Markowitz 表示：“通过在 FELIX 项目上的工作，Ginkgo 和 Draper 为生物检测界取得了两项重大突破，在复杂生物样本中检测基因工程的能力长期以来一直是登月计划中的一个目标，这些新能力有望改变国家生物安全工作。”

Draper 首席科学家和机器智能小组负责人 Laura Seaman 表示：“在 Draper，我们相信基因编辑技术的进步正在为生物安全创造新的机会，在 FELIX 计划下，我们开发了一种设备以及相关的实验室和计算方法，这些方法足够灵敏，可以在包含数百万自然生物的复杂环境背景中挑选出工程生物，该方法的信噪比（the signal-to-noise ratio）相比目前已有的方法有了显著的提升。”

Ginkgo Bioworks 首席执行官兼联合创始人 Jason Kelly 表示：“Ginkgo对工程生物学的承诺有着核心信念，即为社会、环境和我们的健康带来好处的一种蓬勃发展的生物经济。我们非常关心通过确保以负责任的方式设计和部署生物学来实现这一愿景。通过与 IARPA 合作，我们开发了一种全新的生物安全能力，这将增强我们检测、表征和应对生物威胁的能力。我们很高兴能够探索将 ENDAR 部署为我们全球生物安全平台不可或缺的组成部分的机会。"