只做预后和富集分析就能发4分+？且看“双基因”生信分析如何轻松突围，助力文章发表！

小云信心满满的想要教会你们如何轻松玩转生信分析！

分析一种疾病是常规思路，双疾病联合就能创造奇迹；

分析单个基因是平平无奇，双基因组合会让你的分析与众不同，惊喜连连！

单基因-单疾病、单基因泛癌、双疾病联合分析的思路小云都分享过了，那还有双基因组合的生信分析思路呐！

（没有思路、不知道怎么创新的找番茄君，超多个性化的分析思路供你选择哦！）

于是乎，小云查到了一篇双基因的生信分析文章，让我们一起来看看吧。

题目：DDK复合物在肝癌中的表达及预后意义分析

杂志：BMC cancer

影响因子：4.638

发表时间：2023年1月

数据信息

研究思路

分别从TCGA数据库和GEO数据库中下载HCC mRNA表达谱和相应的HCC患者临床资料。分析肿瘤组织与邻近正常组织中DBF4依赖激酶(DDK)复合物成员CDC7激酶及其调节亚基DBF4的表达差异，采用组织芯片(TMA)进行免疫组化(IHC)染色，对CDC7的表达进行评估和评分。采用Kaplan-Meier法和Cox回归法分析患者总生存期与临床特征的关系。采用基因集富集分析(GSEA)分析DBF4和CDC7通路的富集情况。

主要研究结果

1. DDK复合物在HCC组织中的表达

分析TCGA数据集发现DBF4和CDC7在HCC肿瘤组织中均显著高表达(图1B)。根据在线分析平台发现DBF4和CDC7在所有TCGA肿瘤类型中高度相关，尤其是在HCC中(图1C-D)。GEO数据集得到类似结果(图1E)。

图1.DDK复合物在HCC中的表达

Western blot实验进一步证实了DBF4和CDC7在HCC组织中的表达升高(图2A)。进一步分析DDK复合体成员在不同临床状态下的表达情况，发现DBF4、CDC7表达与肿瘤分级、分期呈正相关，在临床分期、分级越高的肝癌晚期患者中，表达越高(图2B-C)。

图2. DDK复合物表达与HCC患者临床特征的关系

通过多因素Cox比例风险回归分析发现DBF4、CDC7均为HCC患者的独立危险因素(图3A、B)。Kaplan-Meier Plotter显示，DBF4、CDC7表达越高的HCC患者OS、RFS、DSS越差(图3C、D)。

图3. TCGA数据集中DDK复合体的预后价值

2. CDC7在HCC患者中的预后价值并与肿瘤细胞增殖相关

利用组织芯片进行免疫组化检测DDK复合体成员的表达（ps：因为作者没有找到适合用于IHC的DBF4抗体，因此只检测了CDC7）。与TCGA数据集的结果一致，单因素和多因素分析显示CDC7表达与OS密切相关，CDC7表达较低的患者OS明显较长。

分析了CDC7High和CDC7Low肿瘤样本的细胞增殖状态，在CDC7High的肿瘤组织中观察到更多的肿瘤细胞增殖。

图4. CDC7的免疫组化检测

3. 功能富集分析

通过pearson相关分析筛选TCGA HCC数据中与DBF4或CDC7呈正相关或负相关的基因，然后在Linkedomics在线网站上进行GSEA，确定这些基因所属于的信号通路。结果表明，高表达的DDK复合物成员促进DNA复制，从而促进肿瘤细胞增殖，DDK复合物可以通过这种方式促进HCC的发展。

图5. pearson相关和GSEA分析结果

总结

这篇文章的分析内容比较简单，都是常规的分析方法，创新点就是同时分析了2个基因与预后的相关性、2个基因的共表达网络和功能富集分析。

除此之外，双基因还能分析免疫细胞浸润：

双基因也能进行泛癌分析：

单基因做多了，来个双基因分析思路也不错，能够让审稿人眼前一亮，那文章的接收函不就到手了吗？如果你还苦恼于课题或分析没有思路，或者双基因生信分析感兴趣的小伙伴快来联系小云吧！