alphafold2安装记录230610，Database下载
许多现存教程是先把命令放上，最后再写踩坑，导致学的人再踩一遍坑，下几天再删了重下或者改命令，很坑。 这里主要根据github官方文献，报错后参考了许多已有教程的有效部分。
主要难点是Database的下载，
Tip1: Database不要放到alphafold的目录下，会导致docker占用空间太大。
Tip2：输入的下载目录一定要是绝对路径，否则会报错。
Tip3：一开始运行download_all_data.sh脚本，报错后，不要删掉已经下载的文件然后重新运行这个脚本。而是看报错的是哪个文件，前面下载的如果没报错，则只删掉这个文件，运行alphafold/scripts下对应的脚本就可以了。
download_all_data.sh <下载目录>这个脚本是个坑，境内的网基本不可能无错下载全部文件，我试了4次，不行。
一共需要这么多文件
上面是github官网的截图，也不是实时更新的，有些项会更大。下面是我23年6月下载后的实际大小。
git clone https://github.com/deepmind/alphafold
cd alphafold
cd ../
mkdir Database
Database最好不要在alphafold文件夹下，说是会导致docker过大。这里有的教程会有如下命令，是用conda安装时配置环境所用，我最后没用conda，不需要下面命令
# stereo_chemical_props.txt下载 ，
wget -P alphafold/alphafold/common/ https://git.scicore.unibas.ch/schwede/openstructure/-/raw/7102c63615b64735c4941278d92b554ec94415f8/modules/mol/alg/src/stereo_chemical_props.txt （后面conda安装时用到，.txt文件在alphafold/alphafold/common路径）
sudo bash /绝对路径/download_all_data.sh /绝对路径/Database
按顺序下载到pdb_mmcif这里会报错，前面的bfd,mgnify,params,pdb70是下载成功的。
pdb_mmcif是20万个文件的文件夹，按脚本中的命令运行，即使有些文件没有下载完成也不会报错，会导致后面运行时出问题。有攻略使用多线程同步（https://www.rehiy.com/post/134），实际运行中10线程会中断，换5线程，换日本的源都不行先放着。不知道是运气好还是改了确实有用，运行下面命令
cat /etc/rsyncd.conf
在打开的文件中改参数，最后是这个样子
uid = nobody
gid = nobody
use chroot = no
max connections = 24
pid file = /var/run/rsyncd.pid
Exclude = lost+found
Transfer logging = yes
Timeout = 90000000
Ignore nonreadable = yes
Don’t compress = *.gz *.tgz *.zip *.z *.Z *.rpm *.deb *.bz2
其他没改，就把use chroot改成no
max connections从4改成24
timeout原先是900，加了几个0.
然后下载速度就8.2 MB/s, 两个小时下好了。
pdb_seqres, raw, uniref30三个，运行alphafold/scripts文件里对应的脚本就行了。命令格式和download_all_data.sh一样。此外，下载了bfd,就不需要small_bfd(这个是空间不足时使用的）。
uniref90也是个坑，使用自带的脚本，或者迅雷，IDM都不行，最后会卡死，超时断开。
采用axel下载，没安装的这样安装
sudo apt-get install axel
（如果是Red-hat，Cent-OS系统sudo yum install axel）
随后cd 到想要下载的目录，输入下面命令下载
axel -n 24 ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref90/uniref90.fasta.gz
实测速度比较稳定，查了下，还有断点续传功能，中断了重新输入上述命令就行。（我为什么会知道，uniref90这个网址就是不稳定，有些时间段死活连不上，当时用原脚本，aria2改线程数都没大用，等了段时间还是用axel下载完的）
下载好后是解压，正常做法是注释掉download_uniref90.sh脚本中的下载行命令，再执行修改后的脚本，但是我此时还不会，注释掉后，解压后删除的是解压后文件而不是另外两个文件。(后来才想到目录中是aria2未完全下载的，解压后会不见gzip: uniref90.fasta.gz: unexpected end of file）
只好cd到下载的压缩文件所在目录
gunzip uniref90.fasta.gz
最后的uniprot，依旧不耐烦等，cd到要下载的位置，采用axel多线程下载
sudo axel -n 24 https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_trembl.fasta.gz
sudo axel -n 24 https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.fasta.gz
注释掉scripts/download_uniprot.sh中这三行
sudo bash download_uniprot.sh /绝对路径/Database
至此所有database文件齐活了。
