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审稿意见-B级警报PLAT220的解决示例

2023-10-17 09:07 作者:DJ_Tokyo  | 我要投稿

案例来源:Angew. Chem. Int. Ed. 2023, e202312837.

DOI:10.1002/anie.202312837

CCDC:2290011

         

图形用户界面:Olex2[1](版本:Olex2-1.5

精修程序:SHELXL[2](版本:SHELXL-2019/2

CIF文件下载:CCDC[3]官网

         

审稿意见:

Reviewer 2, Comment 9: There is still a B alert in the Check_Cif which has been commented by "Author Response: Due to disordered hexanes molecules." And authors address this in their commentation. But to me this seems to be a minor problem that can be solved with a little bit of care. Furthermore, how does squeeze - although I am not a fan of it - help here?

         

该数据B级警报如图1所示,审稿人指的是B级警报PLAT220,而至于B级警报PLAT910,这个是数据测试收集的问题,不是靠精修来解决,审稿人当然知道这点,所以并未对该警报提出问题。

         

▲图1 相关B级警报


         

该数据最初是笔者帮忙解析和精修的,当时遇到上述两个B级警报,实在没解决,就做了上述解释。最后还是逃不过审稿人。审稿人觉得PLAT220是个小问题,很好解决,虽然不喜欢squeeze,但还是建议试试看能否有所帮助。投稿时的数据如图2所示。

▲图2 投稿时提交的数据


         

假设该化合物主体结构即为A,则该数据代表的结构即为A·C6H14(类似于CuSO4和CuSO4·5H2O),论文作者表示元素分析是按A来计算的,而不是按照A·C6H14来计算的,确定了这一点后,笔者首先考虑PLAT220会不会是无序的正己烷占有率定高了,毕竟正己烷碳原子椭球相比于主体结构原子而言很大(虽然游离溶剂原子椭球普遍较大),所以考虑将正己烷占有率减半,即按照A·0.5C6H14来精修,虽然正己烷原子椭球变小了,看着也舒服多了,但是B级警报PLAT220仍然存在,而且其数值不变(10.0),如图3所示,另外R1和wR2均有所增大,这可能表明努力的方向不对。

▲图3 正己烷占有率减半结果


         

而且正己烷处的电子云密度图表明占有减半不对,该处确实应该是1个正己烷,而不是半个正己烷,如图4所示。

▲图4 正己烷占有率减半后的电子云密度


         

随后采用审稿人建议的squeeze,不过此处用Olex2中的Solvent Mask尝试了一下,将溶剂正己烷遮掩掉,结果不仅PLAT220还在且数值不变,还冒出了PLAT232,如图5所示,这表明溶剂遮掩不起作用。

▲图5 溶剂遮掩结果


         

上述尝试表明,对于本案例中的PLAT220问题,还是没有找到症结所在,仔细观察PLAT220的描述“NonSolvent Resd 1 C Ueq(max)/Ueq(min) Range 10.0 Ratio”,该警报指的是非溶剂(NonSolvent)残基中碳原子Ueq的最大值和最小值的比值过大,其官方释义如图6所示。

▲图6 PLAT220具体释义


         

看来之前疏忽了,一直在溶剂(正己烷)上努力,对象搞错了,能有效果才有鬼了!进而仔细观察主体结构,发现有一个无序的异丙基第二组分的其中一个甲基碳椭球极小,Ueq仅为0.009,如图7所示。

▲图7 Ueq异常小的C41A


         

于是在ins中添加指令“EADP C41 C41A”使C41A的各向异性位移参数(ADP)与C41的ADP相同,如图8所示。

▲图8 最终精修结果


         

至此,找到症结并对症下药后,问题得到完美解决,如图9所示。

▲图9 问题解决后的最终数据checkCIF报告


         

参考文献

[1] Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A complete structure solution, refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 200942, 339–341.

[2] (a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/2Program for Crystal Structure Refinement, University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history of SHELXActa Cryst. 2008A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M. Crystal structure refinement with SHELXLActa Cryst2015C71, 3–8. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019A75, 50–62.

[3] (a) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2002B58, 380–388. (b) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2016B72, 171–179.


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