NTFS与FAT32是两种不同的磁盘文件系统格式，就像两个不同的图书馆，他们书架的摆放，尺寸各不相同，管理方式也各不相同。

一：支持分区大小不一样

NTFS可以支持的分区(如果采用动态磁盘则称为卷)大小可以达到2TB（2048GB）,而Windows 2000中的FAT32支持分区的大小最大为32GB。

二：针对电脑用户的加密方式不一样

可以针对电脑用户对该格式下所有的文件夹、文件进行加密、修改、运行、读取目录及写入权限的设置。此外，在磁盘分区下任意文件夹或文件上右键属性，在高级属性窗口中勾选中加密内容以便保护数据即可做到加密。

FAT32文件安全设置：不支持；

NTFS文件安全设置：支持。