欧易生物精彩派送 | 2021单细胞项目文章汇总

回顾2021 年，是欧易生物单细胞事业部硕果累累的一年，助力合作客户发表 33 篇单细胞文章，平均IF达8.408。今天，小编带着大家一起回顾欧易单细胞的2021吧~

NO. 1

基于成像质谱技术的肝癌微环境拓扑分析揭示了不同个体发育的巨噬细胞对细胞邻域的反向调节

Topological analysis of hepatocellular carcinoma tumour microenvironment based on imaging mass cytometry reveals cellular neighbourhood regulated reversely by macrophages with different ontogeny

发表期刊：Gut

影响因子：23.051

DOI: 10.1136/gutjnl-2021-324339

文章概述：肝细胞癌 (HCC) 肿瘤微环境 (TME) 是高度复杂的，具有组织成各种功能单元、细胞邻域 (CN) 的多种细胞成分。该研究结果首次揭示了肝细胞癌肿瘤微环境的各种拓扑功能单元，也提供了最大的肝细胞癌病理景观库。这项工作突出了特异性靶向 Kupffer 细胞而不是阻断髓样细胞整体作为肝细胞癌治疗的新型免疫疗法的潜力。

NO. 2

Kdm6b调节肠道上皮内TCRαβCD8αα淋巴细胞成熟和细胞毒性的机制

The histone demethylase Kdm6b regulates the maturation and cytotoxicity of TCRαβCD8αα intestinal intraepithelial lymphocytes

发表期刊：Cell Death and Differentiation

影响因子：15.824

DOI: 10.1038/s41418-021-00921-w

文章概述：该研究主要证明了Kdm6b能够以细胞内作用方式调控小肠IELs的发育和功能。作者首先构建了T细胞中条件性敲除Kdm6b的小鼠模型（Kdm6bF/F-CD4Cre），通过单细胞转录组和V(D)J测序发现Kdm6b的缺失导致IELs中TCRαβ细胞的比例减少，TCR多样性降低以及TCR V-J基因重排的差异，发现Kdm6b在维持在小肠IELs稳态中的关键作用。随后通过流式证实Kdm6b的缺失会破坏IELs胸腺前体细胞IELPs的稳态和迁移，促进TCRαβCD8αα IELs凋亡，从而导致肠道中TCRαβCD8αα数量减少。通过bulk RNA-Seq、ChIP-qPCR和CUT&Tag-seq等表明Kdm6b能够通过清除相关基因增强子和启动子区域的抑制性H3K27Me3修饰来促进TCRαβCD8αα IELs抗凋亡基因Bcl2及细胞毒性基因Gzmb和Fasl的表达，从而促进TCRαβCD8αα IELs的成熟，Kdm6b也能够通过降低启动子上的H3K27Me3水平调控肠道归巢分子CCR9的表达。

NO. 3 

通过小鼠反应性胶质化消除中风亚型依赖性突触

Stroke subtype-dependent synapse elimination by reactive gliosis in mice

发表期刊：Nature Communications

影响因子：14.919

DOI: 10.1038/s41467-021-27248-x

文章概述：卒中（stroke）在全世界范围内都是一种高致死高致残的疾病，严重危害了人类的生命健康。本研究主要探索小胶质细胞/巨噬细胞 (microglia/macrophage) 和星形胶质细胞 (astrocyte) 在缺血性卒中和出血性卒中修复阶段的突触吞噬情况。利用缺血性脑卒中 (MCAO) 和出血性脑卒中 (ICH) 小鼠模型，作者发现两种胶质细胞在缺血性脑卒中 (ischemic stroke) 模型小鼠中介导突触吞噬，导致突触丢失影响了疾病预后；而在出血性脑卒中 (hemorrhagic stroke) 模型小鼠中只有小胶质细胞/巨噬细胞介导突触吞噬，星形胶质细胞无明显作用。

NO. 4

单细胞RNA+单细胞ATAC测序助力解析小鼠不同器官γ δ T细胞异质性图谱

Single-cell RNA-seq and chromatin accessibility profiling decipher the heterogeneity of mouse γ δ T cells

发表期刊：Science Bulletin

影响因子：11.78

文章概述：γ δ T细胞具有重要的免疫监视功能，其不同亚型在维持组织稳态和局部免疫反应中发挥不同作用，但是γ δ T细胞的异质性尚未完全解析。本文作者对小鼠胸腺、脾脏和淋巴结中的γ δ T细胞开展了单细胞转录和染色质开放性组学分析，系统性解析了其异质性。本文构建了小鼠γ δ T单细胞转录图谱和单细胞染色质开放性图谱，为深入解析γ δ T细胞异质性和亚群调控机制提供了宝贵的资源库。

NO. 5

急性肺损伤过程中间充质干细胞介导的募集单核吞噬细胞的免疫调节：高维分析研究

Mesenchymal stem cell-mediated immunomodulation of recruited mononuclear phagocytes during acute lung injury: a high-dimensional analysis study

发表期刊：Theranostics

影响因子：11.553

DOI: 10.7150/thno.52514

文章概述：急性肺损伤(ALI)招募单核吞噬细胞在肺损伤和修复中起关键作用。本研究在脂多糖(LPS)诱导的ALI小鼠模型中研究了募集单核吞噬细胞的类型和异体间充质干细胞(MSCs)的免疫治疗作用。

NO. 6

内源性 p27 和 Ki67 的可视化揭示了 c-Myc 驱动的代谢开关在促进静止癌细胞存活中的重要性

Visualization of endogenous p27 and Ki67 reveals the importance of a c-Myc-driven metabolic switch in promoting survival of quiescent cancer cells

发表期刊：Theranostics

影响因子：11.552

DOI: 10.7150/thno.63763

NO. 7

早期和晚期肺腺癌中单个肿瘤和免疫细胞图谱和动态变化

Landscape and dynamics of single tumor and immune cells in early and advanced-stage lung adenocarcinoma

发表期刊：Clin. Transl. Med

影响因子：11.494

DOI: 10.1002/ctm2.350

NO. 8

单细胞图谱解析人间充质干细胞异质性

Single-cell transcriptome atlas of human mesenchymal stem cells exploring cellular heterogeneity

发表期刊：Clinical and Translational Medicine

影响因子：11.492

DOI：10.1002/ctm2.650

文章概述：作者从11个健康供体的样本中获得约130,000个细胞，构建了不同组织的MSCs单细胞图谱。对MSCs进一步分析研究，发现组织特异性以及具有保守性的MSCs亚群，ECM在MSCs异质性中起到决定作用。此外，ECM相关的炎症、衰老、抗原处理和呈递等功能在组织特异性亚群中也是高度异质性的。拟时序分析进一步说明MSCs组织内以及不同组织间的异质性。发育轨迹的构建也说明了MSCs组织间和组织内的异质性。

NO. 9

单细胞转录组显示高级别浆液性卵巢癌的异质性

Single-cell transcriptomes reveal heterogeneity of high-grade serous ovarian carcinoma

发表期刊：Clinical and Translational Medicine

影响因子：11.492

文章概述：高级别浆液性卵巢癌 (HGSOC) 是最常见的上皮性卵巢癌，对该疾病的异质性和分子基础仍然不完全了解。作者鉴定出一种具有高增殖和耐药性潜力的上皮细胞亚群，进一步实验证实了它们在卵巢癌细胞生长和迁移中的作用。通过拟时序分析，发现包括翻译机制在内的多种信号通路的失调与卵巢癌转移有关。此外，SCENIC分析揭示了基因调控网络的相互作用，并通过JUN/AP-1抑制剂T-5224验证，表明JUN可作为潜在的卵巢癌治疗靶点。

NO. 10

心脏免疫细胞的单细胞转录组分析揭示Rel驱动的CD72阳性巨噬细胞诱导心肌细胞损伤

Single-cell transcriptomic analyses of cardiac immune cells reveal that Rel-driven CD72-positive macrophages induce cardiomyocyte injury

发表期刊：Cardiovasc Res

影响因子：10.784

DOI：10.1093/cvr/cvab193

NO.11

单细胞测序揭示2型糖尿病小鼠视网膜细胞的新转录图谱和异质性

Pathogenesis study based on high throughput single-cell sequencing analysis reveals novel transcriptional landscape and heterogeneity of retinal cells in type 2 diabetic mice

发表期刊：Diabetes

影响因子：9.463

DOI: 10.2337/db20-0839

NO. 12

促炎性和增殖性小胶质细胞驱动胶质母细胞瘤的进展

Pro-inflammatory and proliferative microglia drive progression of glioblastoma

发表期刊：Cell Reports

影响因子：9.423

DOI: 10.1016/j.celrep.2021.109718

NO. 13

单细胞测序助力解析气道goblet cell 化新机制

LKB1 dificiency upregulates RELM-α to drive airway goblet cell metaplasia

发表期刊：Cell Mol Life Sci

影响因子：9.261

DOI: 10.1007/s00018-021-04044-w

NO. 14

5mC调控子分子亚型系统，描绘膀胱癌微环境特征并指导精准医疗

5mC regulator-mediated molecular subtypes depict the hallmarks of the tumor microenvironment and guide precision medicine in bladder cancer

发表期刊：BMC Medicinee

影响因子：8.775

DOI: 10.1186/s12916-021-02163-6

NO. 15

单细胞RNA测序揭示阿尔茨海默病的B细胞相关分子生物标记物

Single-cell RNA sequencing reveals B cell–related molecular biomarkers for Alzheimer’s disease

发表期刊：Exp Mol Med

影响因子：8.718

DOI: 10.1038/s12276-021-00714-8

NO. 16

单细胞测序助力解析食管鳞状细胞癌分子图谱特征

Dissecting the single-cell transcriptome network underlying esophagus non-malignant tissues and esophageal squamous cell carcinoma

发表期刊：EbioMedicine

影响因子：8.142

DOI: 10.1016/j.ebiom.2021.103459

NO. 17

单细胞测序助力解析新辅助化疗手段——紫杉醇+顺铂与单纯手术治疗在食管鳞状细胞癌中的肿瘤微环境差异

Dissecting the single-cell transcriptome network in patients with esophageal squamous cell carcinoma receiving operative paclitaxel plus platinum chemotherapy

发表期刊：Oncogenesis

影响因子：7.48

DOI: 10.1038/s41389-021-00359-2

NO. 18

子宫腺肌症在位内膜和异位病变的单细胞转录组学分析

Single-cell transcriptomic analysis of eutopic endometrium and ectopic lesions of adenomyosis

发表期刊：Cell Biosci

影响因子：7.134

DOI: 10.1186/s13578-021-00562-z

NO. 19

单细胞转录组测序解析子宫内膜异位症成纤维细胞命运与免疫细胞异质性

Single-cell transcriptomic analysis of endometriosis provides insights into fibroblast fates and immune cell heterogeneity

发表期刊：Cell Biosci

影响因子：7.134

DOI: 10.1186/s13578-021-00637-x

NO. 20

从鼻腔到法氏囊，IBDV 感染鸡法氏囊的单细胞测序机制研究

From nasal to basal: single-cell sequencing of the bursa of Fabricius highlights the IBDV infection mechanism in chickens

发表期刊：Cell Biosci

影响因子：7.134

DOI: 10.1186/s13578-021-00728-9

NO. 21

单细胞助力解析小鼠膀胱尿路上皮细胞图谱和分化特征

Single-cell transcriptomes of mouse bladder urothelium uncover novel cell type markers and urothelial differentiation characteristics

发表期刊：Cell Prolif

影响因子：6.832

DOI: 10.1111/cpr.13007

NO. 22

复发性难治性多发性骨髓瘤的病例研究通过将连续基因组学与单细胞转录组相结合，揭示了浆细胞的克隆进化和基因调控网络

A case study of relapsed and refractory multiple myeloma reveals clonal evolution and gene regulatory networks of plasma cells via combining consecutive genomics with single-cell transcriptomes

发表期刊：Frontiers Cell and Developmental Biology

影响因子：6.684

NO. 23

胶质母细胞瘤的单细胞转录组测序揭示了独特的肿瘤微环境和针对肿瘤相关巨噬细胞的潜在免疫治疗靶点

Single-Cell Transcriptomics of Glioblastoma Reveals a Unique Tumor Microenvironment and Potential Immunotherapeutic Target Against Tumor-Associated Macrophage

发表期刊：Frontiers in Oncology

影响因子：6.244

DOI: 10.3389/fonc.2021.710695

NO. 24

单细胞RNA测序显示子宫内膜癌免疫细胞和子宫内膜上皮细胞表型

Phenotyping of immune and endometrial epithelial cells in endometrial carcinomas revealed by single-cell RNA sequencing

发表期刊：Aging (Albany NY)

影响因子：5.683

DOI: 10.18632/aging.202288

NO. 25

妊娠糖尿病患者胎盘的单细胞水平转录组分析

Transcriptomic Profiling of Human Placenta in Gestational Diabetes Mellitus at the Single-Cell Level

发表期刊：Front Endocrinol

影响因子：5.55

DOI: 10.3389/fendo.2021.679582

NO. 26

综合肝脏单细胞RNA测序和非靶向代谢组学解释清肺排毒汤对冠状病毒诱导的肺炎小鼠的免疫和代谢调节

Integrated hepatic single-cell RNA sequencing and untargeted metabolomics revealed the immune and metabolic modulation of Qing-Fei-Pai-Du decoction in coronavirusinduced pneumonia mice

发表期刊：Phytomedicine

影响因子：5.34

DOI: 10.1016/j.phymed.2021.153922

NO. 27

参与角膜稳态维持和血管豁免的人角膜异质性分子特征

Molecular identity of human limbal heterogeneity involved in corneal homeostasis and privilege

发表期刊：Ocul Surf

影响因子：5.032

DOI: 10.1016/j.jtos.2021.04.010

NO. 28

再生障碍性贫血患者和健康供者骨髓细胞的单细胞RNA序列

Single-cell RNA-seq of bone marrow cells from aplastic anemia patient and healthy donor

发表期刊：Frontiers in Genetics

影响因子：4.59

DOI：10.3389/fgene.2021.745483

NO. 29

基于单细胞转录组学的老年和年轻小鼠胰岛β细胞生理差异研究

Islet β-cells physiological difference study of old and young mice based on single-cell transcriptomics

发表期刊：J Diabetes Investig.

影响因子：4.232

DOI: 10.1111/jdi.13579

NO. 30

单细胞转录组分辨率下的 Blinatumomab 诱导 T 细胞活化

Blinatumomab-induced T cell activation at single cell transcriptome resolution

发表期刊：BMC Genomics

影响因子：3.694

DOI: 10.1186/s12864-021-07435-2

NO.31

小鼠左心室的单细胞 RNA 测序揭示细胞多样性和细胞通讯

Single-Cell RNA Sequencing of Mouse Left Ventricle Reveals Cellular Diversity and Intercommunication

发表期刊：Physiol Genomics

影响因子：3.107

DOI: 10.1152/physiolgenomics.00016.2021

NO. 32

卵巢卵泡颗粒细胞的 scRNA-seq 揭示了不同繁殖力山羊的不同表达模式

scRNA-seq of ovarian follicle granulosa cells from different fertility goats reveals distinct expression patterns

发表期刊：Reprod Domest Anim

影响因子：2.002

DOI: 10.1111/rda.13920

NO. 33

基于单细胞测序技术的通泻安肠汤治疗腹泻型肠易激综合征临床机制研究

Study on the clinical mechanism of Tong-Xie-An-Chang Decoction in the treatment of diarrheal irritable bowel syndrome based on single-cell sequencing technology

发表期刊：Medicine (Baltimore)

影响因子：1.881

DOI: 10.1097/MD.0000000000023868

欧易生物单细胞事业部

欧易生物单细胞事业部建立于2018年，已成为欧易生物的核心部门之一。先后引入多套10x Genomics和 BD RhapsodyTM，流式细胞仪等主流的高通量单细胞分选平台，已获得10x Genomics公司授权的单细胞基因表达和空间转录组双平台服务提供商认证，并与北京、广州等地协同科研院所分别成立联合实验室。

团队成员50余人，博士学历5人，硕士及以上学历人员比例达40%以上；拥有300m独立实验室，可完成样本处理、细胞分选、文库构建和空间转录等的实验。

单细胞事业部成立至今，已完成1500+个项目、8000+例样本的单细胞解离与测序，参与或协助客户发表近50篇高水平文章。欧易生物单细胞事业部致力于为广大科研工作者提供周到、贴心、专业的技术服务，专注于以客户的口碑铸就品牌形象。

2021年，优雅落幕

2022年，精彩再续

2022期待我们携手并进，共创佳绩

Anna  撰文

本文系欧易生物原创

转载请注明文本转自欧易生物