比较基因簇绘图的参考序列选择
比较基因组学分析是基于基因组图谱和测序基础，对已知的基因组结构或功能区域进行比较并分析多个基因组之间序列结构异同的一种方法。顾名思义，比较基因组学需要通过比较来实现分析研究。因此如何选择适合用于比较分析的参考序列便是我们首先需要解决的问题，这也是我们后续使用Easyfig软件绘制比较基因簇图和进行其它比较研究的基础。
通常我们可以借助Blast比对来寻找与目的菌株具有高度相似性的同源序列，作为我们的候选基因组序列，用于绘制比较基因簇图。而在这些候选的序列中筛选参考序列时，可以基于以下的一些原则：
优先选择标准株或行业研究较多的菌株。因为这些菌株通常是最早发现的或是具有重要意义的菌株，在可选择的范围内将其作为参考序列更有意义；
优先选择具有高覆盖度和高相似性的序列，且最好为其它物种来源。基因簇比较时是在序列共性的基础上寻求差异性，而物种间的相似性序列，通常意味着序列片段的种间转移；
对于可移动遗传元件而言，不需要限定参考序列的物种来源，也无需限定其在染色体还是质粒上。这是由于可移动元件的特性决定了它不是谁特有的，因此不应该受到局限。
我们新推出的课程《基于Easyfig软件实现基因簇结构比较及杂合质粒形成分子证据研究》在此基本原则的基础上还对不同情境下的参考基因组选择作了细致的划分。此外，本套课程不是简单的软件操作指南，而是以常见科学问题为指引，教会大家如何通过easyfig软件实现比较基因组研究中常见热点问题的高效解决：
A. 目标基因簇结构的进化变异；
B. 目的基因遗传环境的多样性分析；
C. 基因水平转移分子证据研究；
D. 杂合质粒形成的分子证据研究；
E. 其他与基因结构变异相关的科学问题的解决。
本套课程中不仅包含对软件所有功能的介绍、操作演示，输入文件的准备、调整、修改，图片的高级加工等，同时对该软件能解决的科学问题进行系统的说明，从理论背景、问题提出、问题解决、结果呈现等环节教给大家问题的解决方案。
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