时空日报 | 复制应激引起的转录反应可选择性扩增Brca2突变乳腺上皮细胞亚群

大家好，欢迎观看《时空日报》第45期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计14篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。

1、复制应激引起的转录反应可选择性扩增Brca2突变乳腺上皮细胞亚群

A transcriptional response to replication stress selectively expands a subset of Brca2-mutant mammary epithelial cells

Nature Communications; IF:16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-40956-w

内容概要：通过单细胞转录组分析证实了激素受体表达（hormone receptor expression，HR-）乳腺上皮细胞的扩增，这些细胞表达了Tetraspanin-8（Tspan8）和Thrsp等与复制应激生存相关的基因。此外，CRISPR/Cas9介导的Tspan8或Thrsp基因敲除可以防止Brca2 HR-乳腺上皮细胞的扩增。这些发现表明，Brca2细胞在复制应激后会激活转录反应，通过表达干扰素响应和乳腺泡状基因，选择性地促进HR-乳腺上皮细胞的生长。

2、通过使用scProjection将RNA测量投影到单细胞图谱中以提取细胞类型特异性表达谱

Projecting RNA measurements onto single cell atlases to extract cell type-specific expression profiles using scProjection

Nature Communications; IF:16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-40744-6

内容概要：介绍了一种名为scProjection的方法，该方法可以将多模式单细胞RNA测量映射到深度测序的scRNA-seq图谱上，以提取细胞类型特异性的单细胞基因表达谱，还可以用于识别空间转录组测序中的空间模式，区分空间和多模式单细胞测量中相邻细胞的RNA贡献，并从基因标记中推断未测量基因的表达测量值。

3、空间转录组学技术促进癌症研究

Spatially resolved transcriptomics technology facilitates cancer research

Advanced Science; IF:15.100; DOI: 10.1002/advs.202302558

内容概要：空间分辨转录组学（spatially resolved transcriptomics，SRT）技术可以探索特定细胞的空间背景与其功能之间的关系，特别是在癌症研究中，可以揭示基因表达和细胞功能在空间位置上的未被重视的关系。该综述重点介绍了基于下一代测序的SRT技术的发展和应用，并强调了这些技术在癌症研究中揭示肿瘤细胞和周围非恶性细胞相互作用的未知空间位置方面的主要成就。

4、单细胞分辨率分析揭示棉花侧生分生组织干细胞微环境重编程的准备工作

Single-cell resolution analysis reveals the preparation for reprogramming the fate of stem cell niche in cotton lateral meristem

Genome Biology; IF:12.300; DOI: 10.1186/s13059-023-03032-6

内容概要：利用单细胞转录组技术，发现在外部刺激下，主要的维管细胞是发生细胞命运转变的主要细胞类型。此外，还鉴定了参与再生的新基因，包括CSEF，PIS1，AFB2，ATHB2，PLC2和PLT3。通过CRISPR/Cas9编辑和过表达实验，证明了LAX2，LAX1和LOX3在愈伤组织增殖和植物再生中发挥重要作用。

5、SCA：通过基于信息的降维恢复单细胞异质性

SCA: recovering single-cell heterogeneity through information-based dimensionality reduction

Genome Biology; IF:12.300; DOI: 10.1186/s13059-023-02998-7

内容概要：介绍了一种名为surprisal component analysis (SCA)的新型信息论降维技术，可以更好地发掘单细胞数据集中细微的细胞亚群，提高信号提取的意义。SCA不仅可以发现临床重要的细胞毒性T细胞亚群，还可以显著提高下游数据插补的效果。

6、富氢甲烷生成是厌氧阿米巴变形虫专性互养共生体的关键过程

Hydrogenotrophic methanogenesis is the key process in the obligately syntrophic consortium of the anaerobic ameba Pelomyxa schiedti

ISME Journal; IF:11.000; DOI: 10.1038/s41396-023-01499-6

内容概要：通过单细胞基因组和转录组分析，发现在厌氧变形虫（Pelomyxa schiedti，P. schiedti）共生体中，P. schiedti的纤维素分解活性产生简单糖，供其自身代谢和Candidatus（Ca.）Vesiculincola pelomyxae代谢使用，而Ca. Syntrophus pelomyxae则依赖于环境中的丁酸和异戊酸进行能量代谢。研究还发现，Ca. Methanoregula pelomyxae的产甲烷作用对于该共生体系的生存至关重要。

7、Remibrutinib（LOU064）在多发性硬化症临床前模型中抑制由B细胞和骨髓细胞驱动的神经炎症

Remibrutinib (LOU064) inhibits neuroinflammation driven by B cells and myeloid cells in preclinical models of multiple sclerosis

Journal of Neuroinflammation; IF:9.300; DOI: 10.1186/s12974-023-02877-9

内容概要：介绍了一种名为Remibrutinib（LOU064）的布鲁顿氏酪氨酸激酶（Bruton’s tyrosine kinase，BTK）抑制剂。通过使用两种不同的实验性自身免疫性脑脊髓炎（experimental autoimmune encephalomyelitis，EAE）小鼠模型评估了Remibrutinib的疗效和作用机制，发现该药物通过抑制致病性B细胞自身免疫反应以及作用于小胶质细胞直接抗炎，在多发性硬化症（multiple sclerosis，MS）的预临床模型中发挥作用。

8、甲状腺激素受体α1：甲状腺癌细胞分化的新调节因子

Thyroid hormone receptor α1: a novel regulator of thyroid cancer cell differentiation

Oncogene; IF:8.000; DOI: 10.1038/s41388-023-02815-2

内容概要：研究了甲状腺激素受体α1（thyroid hormone receptor α1，TRα1）在甲状腺癌细胞分化中的作用。通过对癌症基因组数据库的分析，发现高度去分化的甲状腺未分化癌（anaplastic thyroid cancer，ATC）中THRA基因表达丧失。此外，利用scRNA-seq证明TRα1通过多种信号通路作为转录因子抑制肿瘤生长，并将ATC细胞向分化状态转化。

9、克隆动力学和Stereo-seq揭示肺腺鳞癌的起源和表型可塑性

Clonal dynamics and Stereo-seq resolve origin and phenotypic plasticity of adenosquamous carcinoma

NPJ Precision Oncology; IF:7.900; DOI: 10.1038/s41698-023-00430-8

内容概要：通过全外显子测序、Stereo-seq和患者来源的异种移植，发现EGFR和MET激活突变是肺腺鳞癌（adenosquamous carcinoma，ASC）的主要驱动因素，且淋巴结转移和ASC组分具有相同的表型，基因组距离更近。空间转录组学分析推断了从腺癌向鳞状细胞癌的转化，并在体内进行了组织学捕获。

10、scRNA-seq揭示恶性细胞来源的小型细胞外囊泡在人类乳腺癌中促进血管生成

Single-cell RNA sequencing reveals small extracellular vesicles derived from malignant cells that contribute to angiogenesis in human breast cancers

Journal of Translational Medicine; IF:7.400; DOI: 10.1186/s12967-023-04438-3

内容概要：使用scRNA-seq技术分析了乳腺癌肿瘤微环境中的不同细胞亚群，发现小型细胞外囊泡（small extracellular vesicles，sEVs）来源于恶性细胞，通过PPP1R1B的转移激活内皮细胞，促进血管形成。该研究揭示了肿瘤内皮细胞的异质性和不同阶段基因表达水平，为人类乳腺癌抗血管生成治疗提供了新方向。

11、通过转录组和蛋白质水平分析在头颈部鳞状细胞癌患者中鉴定新的癌症相关成纤维细胞标志物

Novel CAF-identifiers via transcriptomic and protein level analysis in HNSC patients

Scientific Reports; IF:4.600; DOI: 10.1038/s41598-023-40908-w

内容概要：通过公共数据和RNAseq数据，发现TIMP-1、SPARC、COL1A2、COL3A1和COL1A1是潜在的癌症相关成纤维细胞（cancer-associated fibroblast，CAF）标志物，并通过qPCR和免疫荧光实验证实了它们的CAF特异性表达。此外，还发现COL1A2在FFPE切片的免疫组织化学分析中表现出更好的差异染色能力。

12、缺失解旋酶样转录因子（Hltf）激活Hmgb1-Rage轴和颗粒酶A介导的胰岛β细胞杀伤导致新生儿死亡

Helicase-like transcription factor (Hltf)-deletion activates Hmgb1-Rage axis and granzyme A-mediated killing of pancreatic β cells resulting in neonatal lethality

PloS One; IF:3.700; DOI: 10.1371/journal.pone.0286109

内容概要：通过全身和β细胞特异性的Hltf敲除小鼠模型，发现免疫活性（immune competent，IC） Hltf 敲除（knockout，KO）小鼠在新生儿期死亡，而免疫缺陷（immune deficient，ID） Hltf KO小鼠存活正常。进一步的转录组分析表明，IC Hltf KO小鼠中Hmgb1-Rage轴和先天免疫细胞基因表达上调，颗粒酶A（granzyme A，GzmA）介导的细胞死亡机制被激活。

13、综合分析人类骨关节炎软骨下骨髓病变的bulk和单细胞转录组

Comprehensive analysis on subchondral bone marrow lesions of human osteoarthritis by integrating bulk and single-cell transcriptomes

BMC Musculoskeletal Disorders; IF:2.300; DOI: 10.1186/s12891-023-06676-4

内容概要：通过对软骨下骨样本进行bulk RNA-seq和骨髓损伤（bone marrow lesion，BML）特异性差异表达基因分析以及多个生物信息学分析和验证独立数据集，确定了IL11和VCAN是BMLs的核心中心基因。使用两种新开发的转录组学数据解卷积算法（MuSiC，MCP-counter）估计软骨下细胞类型组成，发现异位软骨细胞簇在BMLs中丰富，并与中心基因的表达呈正相关。

14、DHX36通过解开G四链体维持基因组完整性

DHX36 maintains genomic integrity by unwinding G-quadruplexes

Genes to Cells; IF:2.100; DOI: 10.1111/gtc.13061

内容概要：该研究发现DHX36可以在体内和体外解开G四链体（G-quadruplex，G4）-DNA，且与G4-DNA有空间相关性，揭示了DHX36可以通过促进G4-DNA的清除来抑制DNA损伤，从而促进细胞生长和存活。

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