最近小云在下载测序原始数据时，因为测序数据量多，而且服务器大多都在国外，所以下载速度特别慢，于是想要寻求高效下载的方法。经过一番搜寻，终于发现一款超强高速下载利器，它就是Aspera！

一、为什么选用Aspera

在我们下载测序数据的时候，通常使用 sra-tools 中的 prefetch 功能来下载测序数据。该工具可以通过 SRR 号从 NCBI 的 SRA 数据库中下载 SRA 文件。但是，使用这种方法下载速度会有所限制，并且需要额外的步骤将 SRA 文件转化为 FASTQ 文件。此外，该过程中还会消耗大量时间和计算资源。因此，我们选用Aspera软件，从EBI（European Bioinformatics Institute）的ENA(European Nucleotide Archive)数据库直接下载FASTQ格式文件。这样做的好处是使得下载速度有了很大程度上的提升。

二、Aspera的下载和安装

在这里，小果推荐使用conda安装，因为这是最为简单方便的方法，具体的步骤如下：

#激活conda环境
conda activate rna

#安装apsera
conda install -c hcc aspera-cli

按照上述的步骤，首先我们要先激活conda的环境，然后使用conda命令进行安装，如图所示，在出现了Proceed([y]/n)?，即是否继续安装时候，输入"y"字符，即可继续安装。

在这里需要注意的是安装完成后需打开提供的链接点击“submit”，同意软件条款。

之后，我们可以检查看看是否安装成功，通过输入ascp -h，有输出帮助文档的话，则代表安装成功

 

二、通过EBI搜索Aspera下载链接

在这里我们先打开ENA网站（https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home），它是一个欧洲核苷酸存储库，是世界上最大的公共核酸序列数据库之一。该数据库收集、存储和分发来自全球各地的核酸序列和相关的实验数据，包括DNA、RNA和原核生物的基因组数据、转录组数据等。

在如图的步骤一中搜索BioProject或SRR编号（如：PRJNA812958或SRR18231894），找到所需的项目或SRA数据，点击“Show Column Selection”勾选sra_aspera信息，然后直接点击复制SRA Aspera下载地址，或者在步骤二中下载TSV文件获取SRA Aspera下载地址，其中最后一列的红色箭头即为Aspera下载地址信息。

如图所示，我们可以看到下载好PRJNA812958的tsv文件

三、利用SRR号批量下载FASTQ数据或SRA数据

当然，如果已经获取到 SRR 号，我们还可以通过脚本直接下载对应的数据，无需访问 EBI 网站以获取链接。

首先我们先来看看如何下载单个数据：

ascp  -vQT -l 50m -P33001 -k 1 -i ~/miniconda3/envs/rna/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/srr/SRR182/094/SRR18231894  ./

· ascp：Aspera Connect 工具的命令名称。

· -v：启用详细模式，显示实时状态和统计信息。

· -QT：禁用传输窗口，以提高文件传输速度。

· -l 50m：设置每个数据块的大小为 50 MB。

· -P33001：指定服务器的端口号为 33001。

· -k 1：开启加密传输模式，并使用默认的安全密钥。

· -i ~/miniconda3/envs/rna/etc/asperaweb_id_dsa.openssh：指定 Aspera Connect 工具所使用的私钥。

· era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/srr/SRR182/094/SRR18231894：指定要下载的 SRA 文件所在的服务器地址和路径。

· ./：指定下载文件的保存路径，即当前目录。

在执行了以上命令之后，该命令就会使用 Aspera Connect 工具下载指定的 SRA 文件到当前目录中。在执行该命令前，需要确保已经在本地计算机上安装了 Aspera Connect 工具，并且具备访问远程服务器的权限。

接下来看看批量下载数据：

我们将搜索得到的Aspera下载地址（如上图中的tsv文件的高亮部分）存入“aspera_links.txt”文件。运行以下命令进行批量下载：

cat aspera_links.txt | while read x; do ascp -vQT -l 50m -P33001 -k 1 -i ~/miniconda3/envs/rna/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@$x  ./; done

因此，在执行完该命令之后，将会循环读取 aspera_links.txt 文件中的每个链接，将链接作为服务器地址，然后使用 Aspera Connect 工具下载对应的 SRA 数据文件到当前目录中。

需要注意的地方是，我们在这里下载的SRA文件没有.sra后缀，格式转换前需要先改名：

cat SRR_Acc_List.txt | while read x; do mv $x $x.sra; done

在执行完该命令之后，将会循环读取 SRR_Acc_List.txt 文件中的每个文件名，将文件名添加 .sra 扩展名，并将原来的文件名改为新名称。

好啦，以上就是对Aspera的一个基础介绍啦！大家可以在自己的虚拟机或者服务器上面使用conda下载好Aspera，然后使用对应的指令对测序原始数据进行下载吧！相信效率和之前相比也会大幅度提升呢！