如何选择PCR探针

PCR探针是用报告分子标记的DNA或RNA序列。报告基因是一种分子，在与靶序列杂交时会发出荧光。

这些探针用于定量和实时荧光定量PCR方法，例如qPCR或定量PCR，可在PCR过程中进行实时扩增检测。

市场上有几种PCR探针，那么如何为您的实验选择PCR探针呢？

图1.PCR探针和引物

根据成本选择探头

考虑到有一些PCR探针比其他探针更专业。例如，使用Taq聚合酶的水解探针比其他探针更广泛且相对便宜。此外，一些探针具有更多成分或专用成分（例如酶），但这种特殊功能会增加成本。

有些探针更难设计引物。例如，在信标探针中，应仔细设计包含发夹环结构的引物，以使报告基因和淬灭剂之间的结合足够牢固。反复试验可能会增加成本。

根据时间和设置选择探头

一些探针具有比其他探针更复杂的机制（水解探针与QZyme）。这意味着某些探针的机制比其他探针更长，最终会消耗更多时间。此外，在继续之前，您必须了解工作机制;否则，您可能会得到假荧光。

根据熟悉程度选择探头

假设您和您的实验室伙伴更熟悉水解探针。您了解协议，了解机制，并且您有很好的故障排除意识。在这种情况下，坚持你所知道的通常更安全。

而且，如果您有一个问题，如果每个人都熟悉所讨论的调查，那么咨询您的同事会容易得多。也就是说，成本、时间和其他因素仍可能影响您的决定。

根据应用选择探头

根据应用，有些探头更专业。例如，如果您计划使用探针进行微阵列的基因表达验证，建议使用双杂交和水解探针。

对于病原体检测和SNP检测，scorpion探针是理想的选择。

对于PCR多重检测，许多其他探针比水解探针更好。

选择探针后，您需要确保PCR条件得到优化。优化PCR条件时要考虑的事项包括：

• 探针相对于引物的位置

• 熔化温度

• 退火温度

• 气相色谱内容

• 底漆设计