【R】SSR分子标记纯合/杂合位点统计
某些作物名为自交系,实则纯度不达标,内含混杂。通过对其分子标记结果进行纯合/杂合位点统计,查看哪些样品可能为混杂样。
目的:SSR分子标记对样本基因型进行鉴定,统计其纯合/杂合位点数。
解决思路:使用R对数据进行处理。原始数据读取→分析基因型结果→将纯合位点记录为0,杂合位点记录为1,生成对应数据矩阵。
解决方法:
原始数据与最终输出文件:


**另者可使用EXCEL对其基因型数据进行处理,纯合位点记录为0,杂合位点记录为1。
公式:=IF(LEFT(A2,FIND("/",A2)-1)=RIGHT(A2,FIND("/",A2)-1),0,1)【此处的A2即为要处理的单元格】
缺点:不适用于处理大量数据(因其需要拉一个与原始数据一样大小规格的表格)。

【最复杂的代码,做最简单的事。】

