欢迎光临散文网 会员登陆 & 注册

【R】SSR分子标记纯合/杂合位点统计

2022-05-21 11:09 作者:伏见锁骨上的印记_  | 我要投稿

    某些作物名为自交系,实则纯度不达标,内含混杂。通过对其分子标记结果进行纯合/杂合位点统计,查看哪些样品可能为混杂样。

    目的:SSR分子标记对样本基因型进行鉴定,统计其纯合/杂合位点数。

    解决思路:使用R对数据进行处理。原始数据读取→分析基因型结果→将纯合位点记录为0,杂合位点记录为1,生成对应数据矩阵。

    解决方法

原始数据与最终输出文件

Fig.1 左图为原始数据,右图为输出数据

**另者可使用EXCEL对其基因型数据进行处理,纯合位点记录为0,杂合位点记录为1。

公式:=IF(LEFT(A2,FIND("/",A2)-1)=RIGHT(A2,FIND("/",A2)-1),0,1)【此处的A2即为要处理的单元格

缺点:不适用于处理大量数据(因其需要拉一个与原始数据一样大小规格的表格)。


【最复杂的代码,做最简单的事。】

【R】SSR分子标记纯合/杂合位点统计的评论 (共 条)

分享到微博请遵守国家法律