厄普西隆纪元
以下是剧情（某些情节与上一版冲突，以此文为准）：
特殊的改写：南极决战中，盟军的悖论引擎即将被摧毁时，指挥官将引擎方向对准巨塔后启动超时空传送仪想要率部逃往北极信号发出点，但是由于天秤的攻击，超时空传送仪被损坏出现故障，将众人传送到美国厄普西隆占领区，导致被俘。
数十年前，尤里带领着一群心灵能力者开始了漫长的旅程，而现在尤里已经牺牲了，但旅程并未结束。南极决战后，第一异教接过了这一使命，带上了一群新的追随者，成立了“心灵先驱”，走向世界各地。异教第一个前往的地区便是尤里身死之处，在克里姆林宫里和将军一番交涉后，异教下令重组了苏维埃最高指挥部，由苏联将军担任领导者，并解除了对最高指挥部成员的心灵支配。于是，苏俄和厄普西隆的力量与科技几乎混合在了一起，在莫斯科，尤里和鲍里斯的雕塑竟然同时矗立着。但并非所有人都能接受这一切，尤其是苏联将军，他们只是暂时的合作，以让自己的人民过上更好的日子，没有人知道这次合作会在什么时候突然结束。新的最高指挥部并没有恢复和月球的通讯，因为指挥部的组成十分复杂，既有库可夫和雷泽诺夫这样的不愿屈服的斗士，又不乏忠于尤里的狂热的异教们。
当异教们查阅苏联的作战记录时，第一异教对核子米格战机产生了极大的兴趣，他认为这将是未来对抗悖论引擎的最佳武器，同时开始考虑如何在未来应对类似天启坦克和半机械人的强大威胁。在欧洲，第一异教注意到了仍然在发展的顶尖工程学——圣骑士坦克；在英国，异教想起来《天赐》的经历，看着修好了的命运科技机库，异教决定也制造一台强大的空中要塞；在美国，异教观看了风暴之子，王蛇战机，狮心王轰炸机等战机群的演习。
并非所有的异教们都狂热的信奉尤里，尤其是在看到苏联在新的最高指挥部带领下迅速发展后，几位异教确信心灵控制存在弊端，领袖也决定进行一些从未尝试过的实验——适当解除某些地区的心灵控制。这项工作被交给了保护过巨塔的第二异教，而他选择了非洲。尽管心灵终结仪成功启动了，但是天蝎组织的反抗者们仍然在利用神经毒素对抗厄普西隆的心灵支配，因此，世界各地都在运送资源到非洲来镇压这唯一的反抗者们，第二异教也利用这一机会开始了非洲的建设。在夹缝中生存的马尔翁一行人逐渐走向穷途末路，只好向美国阿拉斯加最北部转移，希望能够找到拉什迪的“盟友”。
焚风特殊任务：障眼法
天蝎反抗军在被追杀之际急中生智，派遣了仅有的几位心灵专家暗中操纵了一处厄普西隆的造船厂，马尔翁带领一群敢死队突袭厄普西隆基地，在被追击的途中故意走向一处绝路，并引爆了预先藏好的一大堆油桶。最终马尔翁死在了这场爆炸当中——这是厄普西隆军得出的结论，马尔翁其实利用隐形的本领提前逃走了。在“得知马尔翁牺牲的消息后”，天蝎反抗军宣布“投降”，在神经毒素用完之前暗中利用造船厂的运输船尽可能地挑准机会前往美国，“牺牲”的马尔翁也一同前往。自此第二异教宣布成立“天蝎联邦”进行和平建设，以“天蝎领袖”的身份进行了解除心控的实验，并发展出一套新的科技，同时率部前往欧洲，美国等地协助心灵先驱管理和搜集科技。甚至当命运科技机库重新恢复生产时，第二异教接过了伦敦要塞重建的任务
南极决战后，诸异教们总结了经验与教训，认为除了要建立强大的南极防线以外，还要再设一层防线，第三异教（拯救过天秤）提议以非洲南部，澳洲群岛，南美洲南部为主力据点，在海上连成一道防御阵线，而拉恩认为为了对抗超时空传送技术，应当把重心放在南极防线上。最终领袖决定同时采用两种提议，组建起“边界守卫”，保护总部和巨塔的安全
在希望角，焚风反抗军成功地联系上了月球苏军，并利用搜集到的厄普西隆火箭遗骸和零件以及月球苏军提供的火箭蓝图成功复原了登月火箭，可是由于屏障的保护，飞上去后必定有去无回，于是反抗军装载了大量的资源，一辆激动建设车和几位技师前往月球支援建设，同时派遣了大量千里眼机器人和几名心灵能力者前往外界搜集信息，因此联系上了马尔翁。为了重返世界，反抗军联系月球苏军，想用太空核弹激怒厄普西隆，将其注意力转移到月球，苏军同意了这次行动。
月球苏军冲巨塔发射了大量太空核弹，大部分都被天剑防御系统网络拦截了，一枚漏网的核弹砸在了巨塔附近，由于心灵能量源的保护，巨塔不受丝毫影响，可这一事件无疑让和平建设中的厄普西隆惊醒了。其实厄普西隆早就观测到焚风反抗军的复原火箭升空了，领袖也开始生产登月火箭，但是没想到月球苏军会这么快发动致命冲击。
厄普西隆战役：红色的月亮
当异教在莫斯科和将军共同举办联合阅兵时，南极总部传来了致命冲击降临的消息……在异教的指挥下，4艘装载着核弹的火箭撞向了月面（地图的四个角），随着爆炸的结束，另外4艘登月火箭几乎同时在月球核爆处着陆，第二异教率领天蝎联邦降落在左下角，拉恩率领边界守卫降落在右下角，第三异教率领新加入厄普西隆的盟苏混合部队降落在左上角，第一异教率领心灵先驱降落在右上角。
本关中各阵营解锁部分科技：每个子阵营都可以生产一个伊利卡拉，心灵先驱解锁心灵禁卫坦克，恶灵控制机和虫群女王，天蝎联邦解锁沙丘特种兵和清道夫，边界守卫解锁梦魇特种兵和火蜥蜴，混合军队没啥新科技但有两家建设车
敌方科技：苏俄和最后堡垒，苏俄解锁天启坦克和半机械先驱，地图上有4个百夫长，最后堡垒解锁塞泰龙弩炮和未来坦克
剧情：刚开始时苏军向地球发射了剩余的所有太空核弹，一段时间后收到地面军队通讯，称美国厄普西隆大型要塞受到太空核弹打击，天剑防御系统故障导致无法防御，导致心灵控制增幅器被毁，大片地区陷入混乱，一支前所未见的军队从阿拉斯加来袭；苏军劣势时出动半机械鲍里斯，第一异教将心灵能量源目标调整为自己，亲自出动，玩家需要保护心灵能量源不被摧毁，以保证异教的心灵力量（因此血量很高），并保护异教，使其控制鲍里斯
就像当年尤里控制沃尔科夫一样，异教成功控制了鲍里斯并将其带回，苏军大势已去，发射火箭向地球逃亡，四名异教（拉恩也是）迅速率部返回地球，留下部分部队重建月球
焚风战役：摧枯拉朽
焚风先用千里眼渗透潘多拉枢纽或雷达旋塔，揭示天剑防御系统的位置，随后观测到了厄普西隆火箭升空。焚风派出间谍（是心灵能力者）渗透天剑防御系统使其瘫痪，紧接着通知苏军发射太空核弹，致命冲击过后，焚风反抗军主力从希望角倾巢而出，摧毁沿途几个心灵信标后收到月球苏军信号，称月球失守，只得返回地球。途中马尔翁等人会加入。经过信息收集得知萌指并未阵亡，正在从“尤里顿”前往支援厄普西隆军
