qPCR验证和生信预测结果不一致？

开始先看两张图吧（看图片猜问题）：

图1. 一张miRNA-mRNA关系图，图中红色三角形表示上调miRNA，绿色倒三角表示下调miRNA (注意看我用红色框标注的部分)。

再来看第二张图，这是同一篇文章的qCPR验证结果。

有没有发现点问题呢？

框出来的这部分，生信结果和qCPR验证结果是不一致（相反）的（有兴趣的同学可以去看下原文doi: 10.23812/21-265-A）。这篇文章里没有解释这个问题（可能审稿人看漏了），但是你也运气这么好的吗？

相信很多科研工作者在研究中都遇到过做完qCPR实验后发现结果和生信预测的不一致，部分科研工作者可能会坚持自己的实验和分析都没有问题就这么投出去了。但是之后往往会收到审稿人的灵魂拷问，“为什么不一致？如果不一致的话那你哪个结果是可信的（言外之意，你这研究有啥意义？）？

”通常来说，RNA-seq的灵敏度并不如qCPR高，但是这并不代表RNA-seq的结果就不可信。实际上RNA-seq和qCPR的结果都是可信的。下面就来看一下具体原因吧：

1.      RNA-seq几乎覆盖基因的外显子区域，因此获得的基因表达量实际上综合考虑了该基因所有外显子区域的表达水平。而qCPR的定量是在局部区域设计引物并扩增，并不会考虑到基因全长。上述原因就会导致两种检测结果不一致的情况（但是两种方法的结果都是正确的）。

2.      目前的测序技术都是将基因打断成小片段，最后再重新组装的。重新组装会存在组装正确性的问题，如果比较相似性很高的基因那么转录组数据出现问题的可能性也就比较大了。

还有哪些原因会导致qPCR与生信预测的结果不一致呢？

篇幅有限，来这里看更多救命原因！