DDA和DIA
DDA（Data Dependent Acquisition）和DIA（Data Independent Acquisition）是质谱分析中常用的两种数据采集模式。DDA数据依赖采集模式，是最原始最简单的数据采集模式，在进行一级质谱分析后，根据设定的筛选条件筛选母离子进行二级质谱分析，可获得更多的碎片信息。该方法筛选目标离子采用的窗口较窄，在一定上可减少干扰离子的存在，但是也会导致一些离子峰强度较高的离子被当成目标离子进行二级质谱分析，从而出现采样不准确、分析重复性较差的情况，因此，不太适合复杂样本的分析。
DIA数据非依赖采集模式是DDA模式的延伸和发展，DIA主要通过高低碰撞能量进行一级质谱和碎片信息的交替采集，不需要对母离子进行筛选，利用若干个窗口对质谱进行全范围扫描，对每个窗口中的所有离子进行快速、循环选择和检测，理论上可以获得样本中所有离子的全部碎片信息，提高了数据利用度，缺失值更少，分析重复性更高，更适合于大样本和复杂样本的分析检测。
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