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科研代码分享|诊断列线图、校准曲线、决策曲线和临床影响曲线的构建

2022-07-05 16:07 作者:尔云间  | 我要投稿

你知道吗?生信文章已经开始大量使用列线图、校准曲线、决策曲线和临床影响曲线了。今天小云教你用代码做出SCI文章水准的配图!

科研有捷径,输入代码,一键获取科研成果!就是这么省事,来具体看下有多方便!

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列线图(Alignment Diagram),又称诺莫图(Nomogram图)可以用于多指标联合诊断或预测疾病发病或进展。它是建立在多因素回归分析的基础上,将多个预测指标进行整合,然后采用带有刻度的线段,按照一定的比例绘制在同一平面上,从而用以表达预测模型中各个变量之间的相互关系,在疾病诊断和临床实践中也逐渐得到了越来越多的关注和应用。

临床决策曲线分析(Decision Curve Analysis, DCA)是一种评估临床预测模型、诊断试验和分子标记物的简单方法。传统的诊断试验指标如:敏感性,特异性和ROC曲线下面积仅测量预测模型的诊断准确性,未能考虑特定模型的临床效用,而 DCA的优势在于它将患者或决策者的偏好整合到分析中。而这种理念的提出满足了临床决策的实际需要,在临床分析中的应用日益广泛。 

小云最近发现已有大量研究将列线图、校准曲线、决策曲线和临床影响曲线应用于生信文章,如下图。这是来自Am J Transl Res的一篇IF > 4分生信文章。

但是具体要如何实现??? 今天,小编以代码提供的数据为例进行说明。 

代码具体包括:

Step1 输入数据及诊断列线图构建

Step2建立校准曲线(诊断曲线)

Step3决策曲线分析(DCA曲线分析)

Step4临床影响曲线分析

下面是代码中附带数据逐步分析结果

Nomogram 诊断列线图 

 dong-Nomogram  线段式动态诺莫图
Calibration  校准曲线
DCA  决策曲线
Clinical Impact Curve  临床影响曲线

神奇吧,就是如此简单,我们用的都是入门级函数,稍微懂点R语言就能实现。

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