入境处成立之初,总部在九龙尖东冠华中心。1990年1月22日,湾仔政府综合大楼第二座落成,人民入境事务处总部迁入湾仔政府综合大楼第二座。1992年,湾仔政府综合大楼第二座更名为人民入境事务大楼,香港回归后更名为入境事务大楼。2023年,将军澳入境事务处总部落成,入境事务处总部迁入新大楼。