如何快速启动siRNA文库筛选

您：小刀，我之前有听过你的siRNA文库讲座，还挺感兴趣的

您：但是我们实验室没有高通量仪器，也可以做siRNA文库筛选吗？会不会太麻烦？

我：不会很麻烦，小几十个基因的筛选排枪就能搞定，高通量仪器一般适用于几百、几千或几万个基因的筛选

 

您：之前没做过siRNA筛选，我有点怕我操作不好

我：这个不用太担心，基本的转染操作和单基因一致，只不过通常是用96孔细胞板进行，所以需要多些细心和耐心

  

您：好的，那我可以试试看

您：对了，你讲座中提到的成品文库，我看了下，这些基因家族分类和我想要研究的方向不能够完美匹配呢

我：你说的是这些亚库嘛？

我：这个问题不大，图中所有文库的基因列表我都有，你可以看看你的研究方向和哪套库靠的上，然后挑选自己喜欢的基因进行定制。又或者你自己有想要研究的一些基因，可以直接发我，毕竟只要有5个基因就能定制文库了，价格还划算

 

您：能定制还蛮不错的，那我来看看能不能凑些基因出来给你

您：但是定制的规格、产品形式又是什么样的？是不是和成品不一样啊？

我：基本是一样的，但是定制更灵活：规格上有0.1, 0.25, 0.5, 1, 2 nmol 5种可选，siRNA你可以选择4条分装的，也可以选择SMARTpool形式的

 

您：等等等，什么叫4条分装，SMARTpool又是什么？

我：哈哈，讲座没认真听吧，是这样的，每个基因我们会提供4条不同的siRNA，4条分装就是每条siRNA单独放1个孔里，那SMARTpool就是把4条siRNA预混后共同放在1个孔里

 

您：那我要怎么选啊？哪种更合适呢？

我：做多个基因筛选的话，我是更建议选SMARTpool的，这样你的转染工作量就减少了3/4，而且SMARTpool沉默效果更好，毕竟4条不同的siRNA共同发挥作用，大哥不行还有二哥、三哥和四哥呢（奸笑的表情包）

 

您：那沉默效率怎样？有没有做过验证啊？万一效果不好怎么办？

我：这个可以放心，所有的siRNA出厂前都有做过验证，而且是有沉默效率保障的，保证每个基因对应的4条siRNA中至少有3条在mRNA水平上有≥75%的沉默效率，如果效果不好，提供阴阳性对照、siRNA的qPCR数据，厂家是会赔付的

 

您：OKK，那这个规格我咋选呢，我是想买个0.1nmol的，但是具体能做几次筛选我有点慌？

我：和我想到一起去了，如果只是利用文库做一下基因的初筛，那0.1nmol绝对够用了

我：关于能做几次筛选，这个取决于你最终转染时siRNA的使用终浓度了。以96孔板筛选，25nM终浓度，每个基因3个复孔为例，大概可以支持个10次筛选左右

 

您：这样啊，那0.1nmol确实够用了，筛到以后，我再单独购买大规格的siRNA就是了，没必要筛选的时候就买那么多，不划算

我：对的，就是这个意思

 

您：行，那我了解了，我现在就去找找基因去，你把泛素化集合相关的基因列表发我，我看看选一些，再把我手头上有的基因列一列，到时发你

我：好哒，这是基因列表，请查收

参考软文：（在公众号“优宁维分子生物”中进行查看）

1. siRNA筛选小文库，确定不来一套试试？

2. 高效基因筛选工具——去泛素化酶siRNA文库的应用

3. siRNA——你不知道的那些小奥秘

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