【ROSALIND】【练Python，学生信】01 统计DNA序列脱氧核苷酸数目

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题目：

统计核苷酸数目（Counting DNA Nucleotides）

Given: A DNA string ss of length at most 1000 nt.

所给：一条被命名为ss的DNA链，长度至少为1000个碱基。

Return: Four integers (separated by spaces) counting the respective number of times that the symbols 'A', 'C', 'G', and 'T' occur in ss.

需得：四个以空格分隔的整数，分别为ss中A、C、G、T的数量。

测试数据

AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC

测试输出

20 12 17 21

生物背景

细胞是生命活动的主要承担者，早在一百多年前，人们就意识到细胞核在调节细胞生命活动中起着中心作用。细胞核中充满着被称为染色质（分裂期凝缩为染色体）的生物大分子，核酸是染色质的重要组成部分，由单体核苷酸聚合形成。核苷酸又由五碳糖、核酸基团和碱基组成。对DNA分子来说，碱基有四种，分别为腺嘌呤（adenine，A）、鸟嘌呤（guanine，G）、胞嘧啶（cytosine，C）和胸腺嘧啶（thymine，T）。遗传信息就包含在碱基序列中。

Python知识点

DNA序列是一个字符串，Python中针对字符串提供了大量方法可直接调用，其中“.count()”方法可用于计数。

将文件保存在与.py文件相同的路径下可以很方便地读入和编辑，参数’r’代表读入；’a’代表添加到文件已有内容之后；’w’代表写入文件，覆盖原有内容。

代码

# s = "AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGC  AGC"      

f = open("rosalind_dna.txt",'r')  # 直接读入序列文件

s = f.read()

print("%d %d %d %d" % (s.count('A'), s.count('C'), s.count('G'), s.count('T')))