生信没头绪？Science最新发文引发思考！下一个生信分析热点该不会就是它吧？ 内附切入

梦想还是要有的，万一实现了呢？

如果发一篇CNS级别的文章是远期目标

从CNS文章衍生出一篇生信分析思路就是可实现的短期目标！

2022年8月Science发表了一篇关于溶酶体的研究，作者通过对溶酶体蛋白质组进行生物信息学分析，鉴定出了溶酶体相关蛋白（LYCHOS），其可以通过溶酶体途径感知胆固醇，参与合成代谢信号。

看到这你可能要问小云：所以呢？这跟生信分析有什么关系？

别急，首先，小云先跟你说说为什么要关注溶酶体？

小云看了一下国自然中标的情况，发现溶酶体相关的项目在近几年都有稳步的提升，中标的项目方向也比较多，包括溶酶体自噬、溶酶体胞吐、溶酶体依赖性凋亡、溶酶体与线粒体等细胞器的互作等等。说明溶酶体是一个潜在的热点方向！

那么，是否有溶酶体相关的生信文章呢？小云搜索了一下，发现还真没有单纯分析溶酶体的！

但是有分析溶酶体相关的单个基因的，比如溶酶体相关跨膜蛋白4B (LAPTM4B)、溶酶体相关跨膜蛋白5 (LAPTM5)等。

接下来，小云想跟你们聊聊生信发文如何挂靠溶酶体？

01

首先我们要找到溶酶体相关的基因集，在这分享2种方法：

方法一：从GO数据库下载溶酶体数据集

进入GO (Gene Ontology) 数据库网页 http://geneontology.org/  ，在搜索框内输入lysosome，选择Gene Product，搜索。

搜索出结果后，在左侧下拉可以点Organism限定物种。我们选人的话就在Homo sapiens前面的加号上点一下。

可以看到我们搜到了867个结果。接下来点击Custom DL这个按钮可以下载相关基因。可以看到我们搜到了867个结果。接下来点击Custom DL这个按钮可以下载相关基因。

方法二：从GSEA官网下载溶酶体相关的基因集

进入GSEA的官网：

http://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp 

点击上方的Molecular Signature Database。

然后点击左侧的Search Gene Sets，在Keywords中填入溶酶体lysosome，点击search。

找到了23个相关的基因集，然后可以根据基因集的具体描述选择自己想要的基因集。

选择目标基因集，点击进去之后会看到基因集下载按钮，可以选择想要的格式进行下载。

02

有了溶酶体相关的基因集，就可以进行分析了，肿瘤和非肿瘤疾病都可以分析。分析思路可以是：分析溶酶体相关基因、溶酶体相关signature、溶酶体相关非编码RNA等与疾病的相关性，还可以将溶酶体相关基因与其他热点（比如铁死亡、代谢等）关联分析，可以参考类似的分析思路：

另外，如果有单细胞测序数据也可以分析哦！

总结

既然种种迹象表明溶酶体是一个潜在的研究热点，连Science最新发文都是它，那么溶酶体会不会是下一个生信分析热点呢？

趁着现在溶酶体相关的生信分析思路还没涌现， 可分析的空间非常大，感兴趣的小伙伴快来咨询小云吧！