反驳进化论的活化石
根据进化论，每一个物种都是从前一个物种进化而来的，以前存在的一个物种随着时间的推移变成了另一个物种，所有的物种都是以这种方式形成的。根据这一理论，这种转变是在数百万年的时间里逐步进行的。
如果是这样的话，那么无数的中间物种应该生活在这些转变发生的巨大时间段内。例如，过去应该生活着一些半鱼半爬行动物，它们除了已经拥有的鱼类特征外，还获得了一些爬行动物的特征。或者应该存在一些爬行动物/鸟类，它们除了已经拥有的爬行动物特征外，还获得了一些鸟类特征。进化论者将这些他们认为生活在过去的想象中的生物称为“过渡形式”。
如果这样的动物真的存在，它们就会有数百万，甚至数十亿。更重要的是，这些生物的遗骸应该出现在化石记录中。这些过渡形式的数量应该比现在的动物物种还要多，他们的遗骸应该在世界各地都能找到。在《物种起源》中，达尔文接受了这一事实，并解释说：
如果我的理论是正确的，无数的中间变种，将同一组中的所有物种最紧密地联系在一起，肯定是存在的……因此，只有在化石遗迹中才能找到它们以前存在的证据。[1]
理论与实际存在的巨大差异
甚至达尔文自己也意识到缺少这种过渡形式。他希望他们能在未来被发现。尽管他的理论是当时最优的，但他意识到这些缺失的中间形式是他理论的最大绊脚石。这就是为什么他在《物种起源》一章题为《理论上的困难》一章中写道：
…为什么，如果物种是从其他物种不知不觉地进化而来的，那么我们在任何地方都不能看到无数的过渡形式？为什么不是所有的自然都处于混乱之中，而是我们所看到的物种，定义得很清楚？…但是，根据这一理论，无数的过渡形式肯定存在，为什么我们没有发现它们以无以计数的规模嵌入地壳中？…那么，为什么不是每个地质构造和每一个地层都充满了这样的中间环节呢？地质学肯定没有揭示出任何这样精细的有机链条；这也许是可以强烈反对我的理论的最明显和最严重的反对意见。[2]
达尔文能提出这一反驳观点的原因，是因为到目前为止发现的化石记录是乏味的，没有任何过渡物种被发现（少数被称作过渡的证据事后都被认为是错误的判定和学术造假）。达尔文断言，当化石记录被详细研究后，缺失的环节就会被找到。
进化论古生物学家相信达尔文的预言，自19世纪中叶以来，他们一直在世界各地挖掘化石，寻找缺失的环节。尽管他们尽了最大努力，但还没有发现任何过渡形式。所有出土的化石都表明，与进化论者的信念相反，地球上突然出现了完全成形的生命。进化论者试图证明他们的理论，却在不知不觉中导致了它的崩溃。
英国著名古生物学家德里克·V·阿格尔承认了这一事实，尽管他是一名进化论者：
问题是，如果我们仔细研究化石记录，无论是在目或种的水平上，我们一次又一次地发现：不是渐进的进化，而是一茬生物群毁灭，另一茬生物群突然如爆炸般出现。[3]
另一位进化论者古生物学家马克·查内基评论如下：
证明这一理论的一个主要问题是化石记录，即保存在地球地质构造中的灭绝物种的印记。这一记录从未揭示出达尔文假想的中间变异的痕迹——相反，物种突然出现和消失，这种反常现象助长了创世论者的论点，即每个物种都是由上帝创造的。[4]
化石记录中的这些空白不能用以下说法来解释：足够的化石还没有被发现，但总有一天会找到的。另一位美国学者罗伯特·韦森在他1991年出版的《超越自然选择》一书中说，“化石记录中的空白是真实的和有意义的”。他是这样阐述这一说法的：
然而，记录中的差距是真实存在的，没有任何重要分支的记录是相当惊人的。物种通常是静态的，或近似静态，在很长一段时间里，物种和属从来没有进化成新的物种或属，而是被另一个取代，变化或多或少是突然的。[5]
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[1] Charles Darwin, The Origin of Species: A Facsimile of the First Edition, Harvard University Press, 1964, p. 179.
[2] Charles Darwin, The Origin of Species, Oxford University Press, New York, 1998, pp.140, 141, 227.
[3] Derek V. Ager, «The Nature of the Fossil Record», Proceedings of the British Geological Association, Vol 87, 1976, p. 133.
[4] Mark Czarnecki, «The Revival of the Creationist Crusade», MacLean’s, January 19,1981, p. 56.
[5] R. Wesson, Beyond Natural Selection, MIT Press, Cambridge, MA, 1991, p. 45
