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中国疾控:重庆出现首例同时感染两种奥密克戎毒株病例

2023-03-22 20:07 作者:CCMTV临床频道  | 我要投稿



来源:中国疾病预防控制中心周报,https://weekly.chinacdc.cn/en/article/doi/10.46234/ccdcw2023.046近期,据中国疾控中心网站发布最新《中国疾病预防控制中心周报(China CDCweekly)》称,2月14日,在重庆医科大学附属第三医院采集并送检的样本中检测到奥密克戎毒株的共同感染,这是我国首次发现奥密克戎BA.5.2.48 和BF.7.14亚型共同感染的病例


Omicron BF.7.14和 BA.5.2.48 患者的两种共感染菌株的系统发育分析。注:实验室获得的 SARS-CoV-2 基因组被整合到另外88个 SARS-CoV-2 序列中从 GISAID 数据库下载变体。代表共感染样本序列的无根系统发育YB20230158和 YB20230202来自BA.5的独立进化枝报告显示,2022年12月23日,该患者报告食欲不佳,12月29日新冠感染检测呈阳性。2023年1月4日,患者出现寒战和发烧(体温38.9℃),并伴有咳嗽症状,住进云阳县中医医院但未明显好转,1月5日出院。1月6日,该患者住进重庆医科大学第三附属医院传染病科。从1月6日到2月12日,8次核酸检测呈阳性。


测序标本中 SARS-CoV-2 BF.7.14 和 BA.5.2.48谱系定义多态性变异频率的基因组水平视图

注意:编码每个突变的测序读数的频率由直方图显示,突出显示定义每个谱系的突变。共有13个定义 BF.7.14 和 BA.5.2.48 谱系的基因组位置与注释的 SARS-CoV-2 基因组相关,包括 6 个定义 BF.7.14 的独特基因组位置(G1085T、G14181C、C7528T、G25290T 、G22599C 和 T22917G)和定义 BA.5.2.48 的 7 个独特的基因组位置(C2710T、C8626T、C11824T、G12310A、C16616A、C16887T 和 T17208C)。

研究人员于2023年1月28日和2月7日从患者身上采集上呼吸道样本,分别命名为YB20230158和YB20230202,这两个样本形成了一个独立的分支,不同于奥密克戎亚变体BA.5.2.48和BF.7.14。突变位点分析显示,两个样本都含有奥密克戎亚变体BA.5.2.48和BF.7.14的特异性定义位点,患者同时感染了奥密克戎亚变体BA.5.2.48和BF.7.14。文章称,目前在重庆流行的主要新冠病毒变异株为BA.5.2.48(>90% ),其次 为BF.7.14(约3.8%)。到目前为止,中国还没有关于BA.5.2.48和BF.7.14共同感染的报告,特别是在重庆,BF.7.14比例相对较低。周报信息显示,在该病例中,患者是名67岁的女性,有恶性肿瘤病史,在过去6个月内接受过化疗、放疗、靶向治疗和其他治疗,但没有其他基础疾病、吸烟史或饮酒习惯,接种过两针新冠疫苗。报告称,她的家人和邻居在12月下旬被发现感染,这表明有潜在的接触。两次住院期间,她可能接触过其他感染新冠病毒的人。德国埃森大学医学院病毒研究所教授陆蒙吉介绍,共同感染的前提是接触过不同的毒株。目前全球有很多不同的变异株在流传,个人确实可能被不同变异株感染。他分析称,这个病人感染后持续阳性时间很长,有可能是有免疫缺陷,不能和其他人一样,在1到2周内清除病毒。中疾控周报中称,监测新冠病毒变异株应作为识别合并感染和重组病例的重要策略加以推广。随着各种变种在一个地区共同传播的风险不断增加,对新冠病毒变异株的监测,特别是对免疫缺陷的关键人群的监测,变得越来越重要。值得关注的是,3月16日,世卫组织更新了对新冠病毒病毒的变异株的跟踪系统和工作定义,以更好地适应当前全球变异株情况,独立评估正在流行的奥密克戎亚谱系,并在需要时对新变异株进行更明确的分类。世卫组织表示,SARS-CoV-2一直在持续演变。自暴发COVID-19大流行疫情以来,考虑到所评估的新变异株扩大和替换先前变异株的潜力、加剧波浪式传播的潜力以及调整公共卫生行动的必要性,世卫组织确定了多个需要关注的变异株(VOCs)和需要留意的变异株(VOIs)。在比较了动物血清抗原交叉反应、人类呼吸道实验模型复制研究结果情况以及人类临床和流行病学研究的证据后,世卫组织SARS-CoV-2病毒进化技术咨询小组(TAG-VE)的专家达成共识,认为与以前变异株相比,奥密克戎是迄今为止差异最大的需要关注的变异株。从遗传和抗原角度来看,自出现以来,奥密克戎病毒持续进化,亚谱系范围不断扩大。迄今为止,与奥密克戎之前的需要关注的变异株相比,这些亚谱系的特点是能够逃避现有的人群免疫力,并且往往是感染上呼吸道,而不是下呼吸道。自2022年2月以来,在所公布的基因序列中,奥密克戎病毒占98%以上。奥密克戎病毒是可能出现的SARS-CoV-2新变异株的基因来源。不过,仍有可能在先前传播的变异株基础上演变出新的变异株或出现全新的变异株。以前的系统将奥密克戎所有亚谱系归为需要关注的奥密克戎变异株,而这缺乏必要的精细度,无法将表型已改变的新的后代谱系与奥密克戎亲本谱系(BA.1、BA.2、BA.4/BA.5)进行比较。因此,自2023年3月15日起,世卫组织变异株跟踪系统将奥密克戎亚谱系分为监测中的变异株,需要关注的变异株,以及需要留意的变异株。另外,世卫组织正在更新需要关注的变异株和需要留意的变异株的工作定义。主要更新了关于需要关注的变异株的定义,新定义更为具体,列出了SARS-CoV-2的主要进化步骤,并指出需要采取相应的重大公共卫生干预措施。此外,世卫组织今后用希腊字母为需要关注的变异株命名,而不再对需要留意的变异株指定希腊字母名称。做出这些调整后,阿尔法、贝塔、伽马、德尔塔以及奥密克戎亲本谱系B.1.1.529被视为以前传播的需要关注的变异株。世卫组织现将XBB.1.5定为需要留意的变异株。世卫组织还将继续定期发布对需要留意的变异株和需要关注的变异株的风险评估(见关于XBB.1.5的最新风险评估)。世卫组织强调,这些变化并不意味着奥密克戎病毒的传播不再构成公共卫生威胁。做出这些调整是为了在当前流行的奥密克戎病毒构成的威胁之外,更好地识别其他威胁或新的威胁。与此同时,我国最近流感的流行态势也呈高位运行也需要密切关注留意,3月20日中国疾控中心病毒病所国家流感中心主任王大燕表示,此次流感3月中旬已经进入高峰期,虽然目前整体仍处于高位,但有部分省份流感活动高峰已经出现拐点,开始下降。此次流感活动水平在2023年2月初开始升高,2月底后上升趋势明显,到3月中旬已经进入高峰期。虽然目前整体仍处于高位,但已经监测到有几个省份流感活动高峰已经出现拐点,开始下降。今年较往年约晚2个月进入流感流行季,本次流行的流感病毒以甲型H1N1亚型流感病毒为主,其次为甲型H3N2亚型流感病毒。

综合:中新社、中国疾控中心、世界卫生组织

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