PyMOL：您真正需要知道的 10 个非常基本的命令【04】
命令 9 - 使用按钮 A、S、H、L 和 C
如果你仔细看一下，我们蛋白质分子右侧的每一层都有按钮 A、S、H、L 和 C。您只需单击这些按钮和选项中的任何一个即可执行它们。A：A代表Action，S：S代表Show，H：H代表Hide，L：L代表Label，C：C代表Color。
1.Lights, Camera, ACTION!
操作按钮基本上是编辑按钮的变体，您可以通过它执行任何类型的编辑任务。
2.显示
Show按钮包含用于更改蛋白质结构外观和描绘蛋白质结构的其他分子（如有机分子、主链分子、侧链分子、二硫化物和价原子）的选项。蛋白质的默认外观称为卡通型结构(cartoon-type structure)。
3.隐藏
Hide按钮包含的选项基本上可以隐藏您可以使用显示按钮显示的内容。它还包括隐藏 PyMOL 屏幕上所有内容的选项，从蛋白质结构中隐藏水和氢分子，以及隐藏未选择的原子和分子。您可以另外隐藏主链原子、侧链原子和价原子。
4.显示和隐藏一起使用
假设我想像网格一样查看我的蛋白质结构（如果您还记得的话，网格是“显示”按钮下的一个选项）。我基本上会转到我的蛋白质(6fey)层上的显示按钮，然后单击mesh选项将我的卡通蛋白质结构转换为网格蛋白质结构。
这就是网状结构的样子。
是不是很漂亮？但是我们仍然可以从网格内部看到卡通结构。假设我们不想要卡通结构，而我只想要网格。我现在将单击我的蛋白质层 (6fey) 上的隐藏按钮，然后单击卡通选项以从我的屏幕上隐藏卡通。
这就是我们的网格结构在没有卡通的情况下的样子。
是不是超级漂亮？我喜欢网状结构，但是我的好朋友要我做一个表面型蛋白质结构。但是我又不想放弃我的网格，但我也爱我的好朋友，所以好吧，让我们选择表面型结构。这里的策略是，我们将首先显示表面蛋白质结构，然后隐藏网状结构。按照下面的图片了解我们如何实现这一目标。
现在我好朋友很开心，我也很开心。我们已经学会了如何将显示和隐藏一起用于我们的蛋白质结构！
1.标签
谈到标签按钮，这为您提供了多种选项来标记蛋白质结构中的原子，包括通过残基名称、原子名称、单字母代码、b 因子、占有率、范德华半径、形式电荷等进行标记。您还可以使用原子标识符（如 rank/ID/index）和用户给定的属性（如 entity_id）进行标记。
2.上色
你也有一个颜色按钮！我们了解了如何使用 PyMOL 命令框中的颜色命令更改蛋白质、层、选择以及链的颜色。或者，我们在每一层上都有一个颜色按钮，我们可以从中选择我们想要的颜色。以下选项也可用。A. 我们可以使用color by element选项为蛋白质结构中存在的碳、氢、氧和氮着色。（按元素）B. 我们可以使用 color by chain 选项给链上色。（按链条）C. 我们可以使用 color by ss 选项为二级结构（螺旋、片层、环）着色。（作者：ss）D. 我们可以使用 color by representation 选项按表示对结构进行着色。（代表）E. 我们还可以使用a spectrum of colors。给它涂上彩虹色！（光谱）F. 如果您很懒，请转到auto选项以自动上色。（自动）
一个秘密按钮……
所以，我们要谈论的秘密按钮是show sequence按钮。如果使用得当，这个按钮可以让你的 PyMOL 可视化生活变得更加轻松。但是这个按钮在哪里？这个按钮位于 PyMOL 最底部的选项卡上，用大写字母“S”表示。
单击此按钮将为您提供蛋白质分子的序列。
拥有你的蛋白质序列的好处是，你不需要再做任何随机选择，你可以继续从序列中选择你自己的蛋白质部分，它会在蛋白质结构上被选中PyMOL 屏幕。
命令 10 - 增加和减少结构的透明度
这是一个有趣的命令。为了增加和减少结构的透明度，我们可以使用命令set cartoon_transparency, 0.60，其中 0 表示更不透明，越接近 1 越透明。
看看我们的结构在降低透明度后看起来有多透明。现在，如果我们想让我们的结构恢复到之前的样子，我们可以在 PyMOL 命令框中键入set cartoon_transparency, 0 （因为 0 表示不透明）。
set cartoon_transparency, 0
我们的结构又回来了！
让我们set cartoon_transparency, 1看看会发生什么。
set cartoon_transparency，1
通过将我们的 cartoon_transparency 设置为 1，我们的蛋白质结构变得完全透明，我们再也看不到我们的结构了。希望这几篇内容，可以让你不再害怕Pymol的操作，这个软件其实一点也不难。参考资料：
https://medium.com/@snippetsbio/pymol-10-very-basic-commands-that-you-really-need-to-know-part-1-89eb77b61f7c
版权信息
本文系AIDD Pro接受的外部投稿，文中所述观点仅代表作者本人观点，不代表AIDD Pro平台，如您发现发布内容有任何版权侵扰或者其他信息错误解读，请及时联系AIDD Pro (请添加微信号sixiali_fox59)进行删改处理。
原创内容未经授权，禁止转载至其他平台。有问题可发邮件至sixiali@stonewise.cn
