利用bioconda管理生物软件

bioconda——生物信息软件的appStore

# 软件安装

curl -O https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

# 刷新配置即重新加载

source ~/.bashrc

# 添加软件源

conda config --add channels defaults

conda config --add channels bioconda

conda config --add channels conda-forge

利用bioconda管理软件

conda search bwa 【搜索软件是否存在】

conda install -y bwa 【安装最新版本，其他版本需指定版本号；-y 代表后面选项均选 yes】

conda install bwa samtools=1.9 bcftools fastqc fastp -y 【安装多个软件】

conda list 【查看当前环境所安装的软件】

conda update bwa 【更新】

conda remove bwa 【卸载】

创建虚拟环境

conda create -n py2.7 python=2.7 -y 【创建Python 2.7环境，-n表示命名】

conda create -n test1 bwa=0.7.16 blast=2.7.1 【创建所需虚拟环境】

conda env list 【查看现有虚拟环境】

conda activate py2.7 【激活Python 2.7环境】

python -V 【查看Python版本】

conda deactivate 【退出虚拟环境】

加快下载速度

conda install mamba -c conda-forge -y

# conda 替换为 mamba 即可，下为示例

mamba install -y prodigal glimmer augustus trf eggnog-mapper

mamba create -n nanoplot nanoplot -y

管理R包

mamba install -c bioconda bioconductor-biobase -y

R

library(Biobase)