科研代码分享|快速查找miRNA成熟体名称--miRBase数据库中ID转换的两种方法
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miRBase 数据库（https://www.mirbase.org/）是microRNA 序列和注释的主要公共存储库和在线资源。最新版本的 miRBase 数据库 (v22) 包含 38589 个条目，代表来自271个生物体的hairpin precursor microRNAs。hairpin precursor和成熟序列都可用于搜索和浏览，并且还可以按名称，关键字，引用和注释检索条目，所有序列和注释数据也可供下载。
场景需求：在UCSC数据库中下载到TCGA中某个癌种的miRNA-seq数据，发现是miRBase数据库官方ID，需要进行id转换再进行下一步分析。今天我们来介绍两种方法来进行miRBase数据库官方ID与miRNA基因id的匹配。
Method 1：miRBase数据库下载对应文件
Step1：进入官网：https://www.mirbase.org/
Step2：进入到下载界面https://www.mirbase.org/ftp/CURRENT/
Step3：下载miRNA.xls.zip文件
Step4：解压后打开，便可以得到每个对应的id信息。
Method 2. R包下载对应id
miRBaseVersions.db包是一个注释包，其中包括来自 22 个 miRBase 发布版本的成熟 miRNA 名称。由于每个版本的持续增长和变化，miRNA 名称在不同版本中可能有不同的名称，甚至不再列为有效miRNA。此注释包用作存储库，可用于快速查找成熟的 miRNA 名称。
该包主要实现的四种方法函数分别是：Columns、Keytypes、Keys、Select。
安装R包：
iif (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("miRBaseVersions.db")
函数详解：
1. Keytypes：它提供了可以在这个包中使用的表格：输出列出了 23 个表，每个表都可以被查询。键类型“MIMAT”是包含所有支持的 miRBase 版本的所有记录的主表。
library(miRBaseVersions.db)
# keytypes函数：使用此函数接收可以从中检索数据的表名：keytypes(miRBaseVersions.db);
2. Columns：使用columns函数检索有关您可以在最终输出中检索的变量类型的信息：
3. Keys：该函数返回指定keytypes的所有可行的key。以下示例检索miRBase版本6.0的所有可能key。
4. Select：该函数用于提取数据。作为输入值，该函数采用从其他三个函数（键、列和键类型）接收的输出。
例如，要提取有关成熟体 'MIMAT0000092' 的所有信息，我们可以运行以下命令：
参考资料：
http://www.bioconductor.org/packages/release/data/annotation/vignettes/miRBaseVersions.db/inst/doc/miRBaseVersions.db-vignette.htm
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