文献晶体数据改进示例6(降低残余峰)
案例来源:Angew. Chem. Int. Ed. 2022, 61, e202206022.
DOI:10.1002/anie.202206022
CCDC:2086398
图形用户界面:Olex2[1](版本:Olex2-1.5)
精修程序:SHELXL[2](版本:SHELXL-2019/2)
CIF文件下载:CCDC[3]官网
根据CCDC号从CCDC官网下到2086398.cif文件,用Olex2打开并提取其hkl和res文件查看,如图1所示,最大残余电子密度峰Q1(Max Peak = 2.0)位于OC(Me)2CF3基团附近,从其附近Q峰形成的形状来看,该基团应存在一个头尾颠倒的取向无序,另外,左侧游离甲苯可见明显的头尾颠倒的甲苯Q峰,表明该甲苯存在一个头尾颠倒的取向无序,结构中还有一个未处理的穿过对称元素(反演中心)的甲苯,如图2所示。


按上述描述,对这些片段进行适当的无序处理,最大残余峰从2.0降为1.0,R因子也有极大改善,最终结果如图3所示。

这两个数据处理前后各项指标对比如下表所示

视频操作演示请参阅:https://www.bilibili.com/video/BV1Hu4y1x7sx
结语
对于结构中明显存在的较大的残余电子密度峰和无序,不应视而不见,应当对其进行合理的处理,这不仅能使得各项指标得到改善,也能得到更加准确接近实验测试的键长键角。
参考文献
[1] Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A complete structure solution, refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.
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