Yeah！小果发现了这个好工具，肿瘤免疫功能分析
尔云间 一个专门做科研的团队
经过这段时间的学习，小果已经接触了很多癌症数据的分析方法。但还是有很多没接触过的，今天小果要介绍的是用在线网站进行肿瘤免疫功能障碍和排除 (TIDE) 分析以确定样本的免疫治疗反应。
先上网址
http://tide.dfci.harvard.edu/
登陆后页面如下
输入文件需要进行标准化，标准化的方式一般选择Z-score，一般对于行名为基因，列名为样本的文件来说，一般按行进行标准化，标准化后的表达量为正负都有的形式，这样的文件可以输入，如果输入的是为标准化或者log2标准化的文件，则会报错，显示正表达量的数量大于80%。
输入文件大致内容如下
癌症类型根据实际情况选择，前两个为目前研究的较成熟的癌症，其他癌症的结果要差一些。
选择好后就可以点击右下角按钮进行运行了。
这个过程一般需要稍等片刻。
上图反应的为TIDE分值的分布情况，分值大于零的为没反应，分值小于零的为有反应。下面可以下载完整的评分表。
网页拉到底部，可以找到一个export to CSV按钮，点此可以下载csv文件结果。
得到各样本的表达量之后，可以画箱线图以反映样本TIDE值在分子亚型或者高低风险组之间的差异。
像小果这个是不显著的，但应该也能反应一些问题，有一点参考价值。不过话说回来了，对于小伙伴们来说最重要的是分析的方法。
好了，这就是今天的主要内容了，小伙伴们有什么问题欢迎来和小果讨论分享啊。
推荐阅读
关注小果，小果将会持续为你带来更多生信干货哦。
“生信果”，生信入门、R语言、生信图解读与绘制、软件操作、代码复现、生信硬核知识技能、服务器、生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化等原创内容，一起见证小白和大佬的成长。
