尔云间生信代码|R可视化:复杂热图绘制技巧之热图中添加柱状图
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热图(Heatmap)一直是生信分析数据结果展示的好帮手,能很好的将结果清晰呈现,在组学研究的相关文章中,热图作为一种对实验数据及其分析结果的直观的表达方式,在很多文章中都有着不可或缺的地位。它是一种将规则化矩阵数据信息转换成颜色色调的常用的可视化方法,其中每个单元对应数据的某些属性,属性的值通过颜色映射转换为不同色调并填充规则单元。

热图是非常常见的图形,在R语言中有非常多的R包可以画热图,比如pheatmap等,但complexheatmap包无疑是其中的老大哥,其功能之全面远超其他同类R包。ComplexHeatmap 不仅可以画单个的热图,也可以制作多个热图及注释信息相互组合起来的更为复杂的图形。复杂热图可用于展示同一个数据集或不同数据集之间的关系或揭示内部规律。ComplexHeatmap包可提供灵活的热图展示及高度自定义的注释图形。
高分期刊文献往往不仅创新性好,工作量大,其中的配图同样美观且能很好地反映数据内容。下面我们来看下在热图的基础上怎么增加柱状图来将图形变得更高级。代码相关文件见如下3个文件夹,文末可知如何领取。

1. 加载相应R依赖包:
library("ComplexHeatmap")
2. 数据导入
输入数据格式如下所示,我们用一个简单的矩阵作为例子。

3. 基本热图绘制
先来看下这个数据的热图结果。


然后我们把在右边的标签换到左边,使用参数row_names_side = "left"。


4. 添加柱状图
接下来就是添加柱状图,也是本文最关键的一步,对热图每个基因的数据之和进行统计并在热图正上方绘制柱状图,对每行数据之和进行统计并在热图右侧绘制柱状图。

到这里图形就完成了,效果如下图所示,大家可以尝试用我们的示例数据跑起来,也可以用自己的数据进行尝试。

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写在文末:
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