PRM和DDA

PRM与DDA为两种不同的质谱数据采集模式。PRM（Parallel Reaction Monitoring）平行反应监测是相对于传统SRM建立起来的高分辨率离子检测技术，是目前靶向定量蛋白质组学数据采集的主流方法。PRM基于Q-Orbitrap为代表的四级杆-高分辨率质谱平台对每一个母离子产生的所有碎片离子进行全扫描，平行监测了每一个母离子产生的所有离子对，可以对目标化合物进行高分辨、高精度的相对或绝对定量。

DDA（data-dependent acquisition）数据依赖采集模式，也称为信息依赖采集模式（IDA），是串联质谱中最简单最原始的数据采集模式，主要用于非靶向定量蛋白质组学研究。在DDA模式下，质谱仪在串联质谱的第一阶段选择丰度最高的肽离子，然后在串联质谱的第二阶段对它们进行片段化和分析。DDA数据依赖型扫描模式通常可以鉴定出数千种蛋白质，但是由于其只选择丰度较高的肽段离子进行二级质谱分析，在一定程度上会阻碍低丰度肽段的测定。