有手就会的LD衰减分析与Q矩阵计算

LD衰减分析的目的：

    ① 过滤连锁不平衡的SNP位点（仅用于群体结构分析，避免强相关性的SNP对群体结构分析影响）。

    ② 找关联分析后定位的QTL r2（相关系数）对应的衰减距离内的基因。

LD衰减过滤SNP位点只用于群体结构分析中，过滤掉r值高于标准r的SNP（即高连锁高相关的SNP），过滤掉的位点不会用于关联分析。

常见标准：LD系数（r2）衰减到最大值的一半时，所对应的距离，则为后续分析使用。

LD衰减分析可以使用tassel、plink、popLDdecay、gapit等工具进行。这里只演示popLDdecay，需要在linux系统使用。

popLDdecay的中文使用手册：https://zhuanlan.zhihu.com/p/431182680

Q矩阵可以用admixture、fast structure、structure等工具分析得到。这里只演示admixture，需要在linux系统使用。

大致步骤是：先用plink根据LD衰减分析得到的范围进行筛选，再用admixture进行分析。