基础医学SCI实验结果解读篇-COIP

  免疫共沉淀Co-IP图片结果看不懂？基础医学SCI结果解读篇来袭，通俗易懂

    每次看文献的时候是不是看到下面这样的图就眼晕呢？

    小薇今天就带着大家一块解读解读这些图片都说明了什么？

    基本定义：免疫共沉淀（Co-immunoprecipitation ，Co-IP）是通过使用目标蛋白特异性抗体间接捕获与目标蛋白特意结合的蛋白质，通过已知蛋白来确定未知蛋白，是蛋白-蛋白间相互作用的经典方法之一。

    实验原理：当细胞在非变性条件下被裂解时，如果用蛋白X的抗体免疫沉淀X，那么与蛋白X在体内结合的蛋白质A、B、C等也能沉淀下来。通过离心沉淀后，冲洗掉未沉淀的蛋白，用WB/IB来检测一下沉淀下来的蛋白中X蛋白和A、B、C等蛋白的量，就能知道X蛋白和A、B、C等蛋白之间的结合互作情况了。

如果Co-IP实验的目的是为了验证两个已知蛋白之间的相互作用，则也可以分别给两个已知蛋白融合特定的标签，利用标签抗体实现蛋白的沉淀及沉淀复合物中目的蛋白的检测。

所以，实验步骤基本就是：样品制备——Pre-clearing——结合（蛋白-抗体-珠子）——洗脱。

    看完这些基础理论知识后，小薇就从不同的文献中找了几个Co-IP的结果图，用实际案例让大家了解Co-IP实验的详细结果，以后再也不会看不懂Co-IP实验的结果图了。我们从今天开始就各个击破吧！

    文献实例1：（PMID: 33658012，IF=41.444）

   泛素化连接酶FBW7诱导m6A结合蛋白YTHDF2的泛素化和蛋白酶体降解

背景介绍：FBW7属于F-box蛋白家族，是Skp1-Cullin-F-box（SCF）泛素连接酶复合物的底物识别组分。它可选择性介导c-Myc, Cyclin E, c-Jun, Notch1, mTOR等致癌蛋白的泛素化和蛋白酶体降解，因此被认为是一种肿瘤抑制因子。

YTHDF2是一种m6A解读器，选择性地与m6A基序结合，促进mRNA靶分子的降解。

    作者为了破译FBW7介导的m6A修饰系统调控背后的分子机制，他们使用抗FBW7抗体联合质谱分析进行了Co-IP实验，以确定FBW7稳定过表达SKOV3细胞中的FBW7相互作用蛋白，然后筛选出m6A结合蛋白YTHDF2作为FBW7结合蛋白之一。随后使用Co-IP实验在SKOV3癌细胞中验证了FBW7与YTHDF2结合。

    方法描述：

    结果展示

Input组，即阳性对照组。为直接利用抗体FBX7（抗体YTHDF2）对细胞裂解液进行IB/WB检测，验证细胞裂解液中存在蛋白FBX7（蛋白YTHDF2）。

IgG组，阴性对照。非特异性的IgG抗体，一般不会拉下什么东西下来，也就一般不会有条带。如果有条带说明目的蛋白与beads本身有结合或与IgG有非特异性结合，需要重新完善下方法。

条带图片上方FBW7和YTHDF2分别用FBW7或YTHDF2抗体来做免疫沉淀。

左边的是使用什么抗体来做的IB/WB。也就是用IB/WB来表现免疫共沉淀的样品中的FBW7和YTHDF2量。

对于内源性Co-IP实验验证两个已知蛋白（FBW7和YTHDF2）是否存在相互作用，如果最终的结果为阳性（可查看Input组，代表阳性结果），则可以证明两个蛋白之间存在相互关系，比如本文就验证了FBW7可以与YTHDF2结合，存在相互作用。反之，如果结果为阴性（可查看IgG组结果，代表阴性结果），则无法证明两个蛋白之间不存在相互作用，也有一些其他原因，比如蛋白本分在细胞内表达量就比较低，不好检测出来。针对这种情况建议就做一个过表达Co-IP实验。

好了，今天就先get这一个类型的Co-IP实验结果图的解读吧，关注后续，更多精彩等着你~