Jupyter使用指南

最近进入到了一个新课题组，可能需要使用到实验室已有的分析流程开展蛋白质组学相关的数据分析。新实验室的主流程使用编程语言是python3，项目开展的流程则是用Jupyter notebook实现的，因此，了解Jupyter notebook的使用就成了本公众号作者的刚性需求。于是，在学习的同时进行记录，一方面方便后续温故知新，另一方面也方便有相应需求的同学迅速上手。

对于Jupyter notebook而言，官方文档是这样介绍：Jupyter notebook是一个开源的网络应用程序，允许你创建和分享包含实时代码、方程式、可视化和叙述性文本的文档。其用途包括：数据清理和转换、数值模拟、统计建模、数据可视化、机器学习等等。而对于我们这些使用者而言，这其实是一个类似于腾讯文档的可以在线的python编译器，利于相应人员协作进行python开发。

那么，该如何安装这个python包呢。以下将分为几步进行介绍

1、  安装方式

安装的方式有很多，但对于已经安装了pip的用户来说，则以下两行命令即可实现。

2、启动脚本

完成安装之后，通过在命令行输入命令（如图一中的红色虚线框0）打开jupyter notebook的网络终端信息。

4、创建用户目录

进入Jupyter notebook的网页端之后，首先映入眼帘的就是一系列的默认文件。这些都是系统的默认文件，暂时不需要用到，所以暂时忽略。而为方便在剩下的推文中更好的展示操作流程，本推文作者在根目录下（图二中的红框2）创建了一个用户目录usr_dir。创建方法就是在图二红框3中选择“新建”选项，在下拉菜单中选择“文件夹”选项，创建用户目录。

5、创建项目

随后，在图三红框4中的用户目录下，“新建”选项中点击红框5的“Python3(ipykernel)”选项，创建以ipynb格式的文件（红框6）。该文件所包含的内容即为一个流程所需要的所有文件的集合。

6、项目启动

那么，如何开始我们的项目呢。首先，需要打开我们新建的项目，之后会弹出一个新的页面，如图四所示。而在图四红框7中可以输入你的python脚本，如本文输入的是“print(‘hello world’)”。

点击红框8的“运行”选项，即在红框9中显示结果“hello world”。其中红框8和红框9的内容共同组成了项目的一个cell。通过将许许多多的cell组合起来，即构成一个完整的Jupyter notebook项目。

7、Jupyter notebook优势小结

以Jupyter notebook为基础开发项目，至少拥有以下三个优势：一是可以像图五的紫色虚线框（下文简称紫框）10所显示的那样，将单个cell脚本和cell脚本运行的结果文件合并储存为一个项目文件；二是通过图6的紫框11的“上传”选项将别人的ipynb项目上传到网页端进行分析调用；三是对于自己已经写好的项目，如紫框12的文件，可以通过选择紫框13的“下载”选项，将你所撰写好的项目以ipynb格式的文件分享给别人。

当然，Jupyter notebook开发项目的优势远不止以上几点。剩下的许多优势还需要读者在后续使用过程中自己了解。

以上就是Jupyter的简要使用指南，如想要进一步了解该脚本，可以移步官网:https://jupyter.org/index.html

三 惯例小结

本公众号开发的相关软件，Multi-omics Hammer软件和Multi-omics Visual软件欢迎大家使用。文末是本公众号在其他平台的账户，也欢迎大家关注并多提意见。

简书：WJ的生信小院

公众号：生信小院

博客园：生信小院

最后，也欢迎各位大佬能够在本平台上：1传播和讲解自己发表的论文；2：发表对某一科研领域的看法；3：想要达成的合作或者相应的招聘信息；4：展示自己以寻找博后工作或者博士就读的机会;5:博导提供博后工作或者博士攻读机会，都可以后台给笔者留言。希望本平台在进行生信知识分享的同时，能够成为生信分析者的交流平台，能够实现相应的利益互补和双赢（不一定能实现，但是梦想总得是有的吧）。

另外，怎么说呢，投。。。。。。币也可，不强求，但奢求