在刺客兄弟会的历史当中，有多个分支曾建立过刺客议会（Assassin Council）或兄弟会议会（Council of the Brotherhood）作为兄弟会的管理主体。黎凡特刺客兄弟会为刺客议会的建立开创了先河，同时也出现了兄弟会导师导致刺客议会发生腐败的现象。

在文艺复兴时期，意大利刺客兄弟会的导师领导着一个由各地刺客大师组成的刺客议会。法国大革命时期的法国刺客兄弟会与工业革命时期的英国刺客兄弟会也都由各自刺客议会领导。

历史

黎凡特刺客议会

• 斯瓦米：“明天将会召开议会的会议。”

• 阿泰尔：“召开什么？”

• 斯瓦米：“在马利克被囚禁之后，为了对应兄弟会的情况，我们建立了一个议会来监督整个组织。”

• —1227年，斯瓦米将新成立议会一事告诉了阿泰尔。

在十三世纪早期，在黎凡特活动的刺客组织制定了在没有合适的导师人选时成立刺客议会来领导黎凡特刺客兄弟会的规定。在导师阿泰尔·伊本-拉阿哈德离开当时黎凡特刺客兄弟会的权力中心马斯亚夫，前去对抗来自蒙古帝国的威胁之后，临时导师马利克·阿塞夫被控谋杀，遭到囚禁，刺客们成立了由阿泰尔的宿敌阿巴斯·索菲安带头的刺客议会。

索菲安的刺客议会共有十名成员。当阿泰尔于1228年回到马斯亚夫时，刺客议会的成员都是整个刺客组织里意志最为薄弱最不坚定的成员。再回来后不久，阿泰尔和索菲安及刺客议会会面，讨论阿泰尔阻止蒙古人进军的行动以及蒙古领导人成吉思汗被他们顺利刺杀的事情。尽管黎凡特刺客兄弟会的制度曾允许回来的阿泰尔重新担任组织领袖，解散现任刺客议会，但索菲安早已密谋修改了制度条例，这样他和他的刺客议会就可以继续掌权，宣称阿泰尔不配继续担任领袖。

阿泰尔在1247年从阿巴斯·索菲安手里夺回了黎凡特刺客兄弟会，重新成为了导师，决定解散刺客议会，但保留了多位可以信任的顾问。

意大利刺客议会

• “先说正事。我打算今晚在这里召开兄弟会议会的会议。”

• ―马里奥·奥迪托雷

在文艺复兴时期，意大利刺客组建了一个刺客议会，又称兄弟会议会。刺客议会的成员为多名显赫的刺客大师，常常由现任导师的指导。刺客议会负责选择意大利刺客兄弟会的领袖，批准有关组织前进方向的重要决定。

1500年，意大利刺客领袖马里奥·奥迪托雷与尼科洛·马基雅维利等若干名意大利刺客议会的成员在蒙特里久尼的奥迪托雷别墅会面，听埃齐奥·奥迪托雷·达·佛罗伦萨报告自己对抗教皇罗德里戈·博吉亚的经过，以及他是如何发现西斯廷礼拜堂地下的梵蒂冈密室的。在切萨雷·博吉亚摧毁蒙特里久尼，夺走马里奥·奥迪托雷性命的进攻之后，埃齐奥和马基雅维利因他们为刺客事业所做出的贡献而被任命为议会的领导人。

刺客议会后来批准了埃齐奥担任导师以及意大利刺客领袖的晋升决定。在埃齐奥担任导师时，意大利刺客议会的成员包括了马基雅维利、巴尔托洛梅奥·德·阿尔维阿诺、罗莎、拉·沃尔佩、保拉和克劳迪娅·奥迪托雷等人，所有人都为导师提供帮助、情报以及建议。埃齐奥在卸任导师之后，提名卢多维科·阿里奥斯托担任他的继承者，刺客议会批准了这一决定。 

法国刺客议会

• “刺客，议会派你去圣迹区。你去那里找到圣殿骑士的爪牙乞丐之王。了解他的秘密，为他带去解脱。”

• ―1791年，米拉波命令亚诺去刺杀乞丐之王。

法国刺客议会最晚在十八世纪中叶开始活跃，派遣约翰·德·拉图尔前往当时的北美殖民地。德·拉图尔在议会的命令下行动，在1746年前后协助建立了新的殖民地刺客兄弟会。但是，他在路易斯堡的战斗中阵亡，殖民地刺客兄弟会的领导权转交给了导师阿基里斯·达文波特。[5]

1748年，加斯帕尔·维拉斯奎兹和他在西班牙的盟友们开始设计一艘新的双桅横帆船。这艘船十分强大，将用来增强殖民地刺客的实力。但是由于英国圣殿骑士的威胁，他们无法自己将这艘船建造出来。第二年，船只的建造计划交给了法国刺客议会。他们在法国的布雷斯特完成了这艘船的建造，并将其命名为“天鹰号”。随后，这艘船被交给了殖民地刺客兄弟会。

到了1789年，法国刺客议会由导师米拉波领导，总部位于巴黎圣礼拜堂地下的刺客圣所。在这一时期，刺客议会的成员除米拉波外为四名刺客大师：皮耶尔·贝莱克、苏菲·特蕾内、赫尔维·奎马与纪尧姆·贝里尔。在1789年7月，他们接收亚诺·多里安成为刺客兄弟会的新成员，同时，随着法国大革命的爆发，为这场革命寻求一条可行的和平道路。

1791年，米拉波因想要与被圣殿骑士组织背叛的圣殿骑士埃莉斯·德·拉塞尔结盟而被同僚皮耶尔·贝莱克毒杀。目睹了圣殿骑士以清洗刺客之名犯下的种种暴行之后，贝莱克将米拉波对和平的追求视作对刺客组织的背叛。贝莱克的罪行很快就被亚诺揭发，两人最后进行了一场决斗。贝莱克因此而死。刺客议会因此失去了两名成员。

此后，法国刺客议会的主席由特蕾内担任，她带领议会将亚诺逐出了刺客组织。他们不赞同亚诺加入兄弟会的自私理由，也不赞同他反复违背信条的行为——为了给养父复仇而未经议会允许就鲁莽地杀死目标。法国刺客议会驱逐了多里安，但并未进一步惩罚他，多年之后又欢迎这个年轻人回到兄弟会。[6]那时，他已经成熟，对兄弟会的事业有了真正的奉献。

英国刺客议会

• “你我一样清楚伦敦已经被圣殿骑士支配了一百年。他们现在太过强大。耐心。（……）议会会指导我们的，他们会给出你们父亲也会赞同的建议。我希望你们能回到克劳利。”

• ―1868年，乔治·韦斯豪斯就刺客议会不愿挑战圣殿骑士对伦敦的控制一事这样说道。

到了1868年，英国刺客兄弟会由刺客议会领导。刺客议会不愿与彻底控制了整个伦敦的圣殿骑士组织正面抗衡。然而，年轻气盛的英国刺客雅各布·弗莱与伊薇·弗莱违抗了议会的命令，来到了伦敦，为伦敦市里剩余刺客的领袖亨利·格林提供帮助。