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利用bwa将基因组比对到参考基因组,你学会了吗?

2023-10-11 09:15 作者:小云爱生信  | 我要投稿

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BWA (Burrows-Wheeler Aligner)是一个用于DNA序列比对的快速、高效、可扩展的软件工具。

它采用了一种基于Burrows-Wheeler Transform (BWT)的算法,可以将长度为几GB的序列数据集与参考序列进行比对。BWA的比对速度和准确性都非常高,被广泛应用于基因组学、转录组学、表观遗传学等领域的研究中。


BWA的主要特点包括:

1. 高效快速:BWA采用了BWT算法和一些优化策略,可以在较短的时间内完成大规模的比对任务。

2. 准确性高:BWA采用了一些质量控制策略,如配对信息、序列长度等,可以提高比对的准确性。

3. 多功能:BWA支持不同类型的序列比对,包括单端比对、双端比对、重测序、局部比对等。

4. 可扩展性强:BWA可以处理多个比对任务,支持多线程和分布式计算,能够高效地处理大规模的数据集。

了解这么多之后我们开始吧!还记得小果之前带大家做过fastqc质控的数据吗,我们刚好继续往下做。

看一下结果:

怎么样,你学会了吗!

好啦,今天的内容暂时就到这里了,我们下期继续!


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