新型冠状病毒，即“2019-nCoV”——艾柏森生物首次表达相关蛋白
新型冠状病毒，即“2019-nCoV”——艾柏森生物首次表达相关蛋白
Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome
Basic Information（基本信息）
LOCUS
定位
MN908947 29903 bp ss-RNA linear VRL 17-JAN-2020
DEFINITION
定义
Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, Complete genome.
ACCESSION
分类
MN908947
VERSION
分型
MN908947.3
SOURCE
来源
Wuhan seafood market pneumonia virus
ORGANISM
生物
Wuhan seafood market pneumonia virusViruses; Riboviria; Nidovirales; Cornidovirineae; Orthocoronavirinae; Betacoronavirus; unclassified Betacoronavirus.
Taxonomy ID
分类ID
2697049
(for references in articles please use NCBI:txid2697049)
PROTEIN ID
蛋白ID
QHD43415.1QHD43416.1QHD43417.1QHD43418.1QHD43419.1QHD43420.1QHD43421.1QHD43422.1QHD43423.2QHI42199.1
CDS & GENE
编码序列
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947
REFERENCE
参考文献
1. A novel coronavirus associated with a respiratory disease in Wuhan of Hubei province, China (JOURNAL Unpublished)2. Direct Submission (JOURNAL Submitted (05-JAN-2020) Shanghai Public Health Clinical Center & School of Public Health, Fudan University, Shanghai, China)
Related services & products（相关服务和产品）
Protein Products
NAME
GENE sequence
Protein id & weblink
orf1ab polyprotein (pp1ab)
266..21555
QHD43415.1
ORF10 protein
29558..29674
QHI42199.1
structural protein-nucleocapsid phosphoprotein
28274..29533
QHD43423.2
ORF8 protein
27894..28259
QHD43422.1
ORF7a protein
27394..27759
QHD43421.1
ORF6 protein
27202..27387
QHD43420.1
structural protein-membrane glycoprotein
26523..27191
QHD43419.1
structural protein-E protein
26245..26472
QHD43418.1
ORF3a
25393..26220
QHD43417.1
surface glycoprotein
21563..25384
QHD43416.1
病原分离鉴定服务
基因组测序一般先将样本制成匀浆并进行过滤，取上清用于RNA提取；提取的RNA在进行去除DNA和核糖体RNA后，通过体外随机引物反转录进行建库；测序在二代或三代高通量测序平台进行。测序数据经过质量控制，去除宿主基因组序列后进行拼接，此次病原学鉴定应该同时使用了二代和三代测序平台，才能短时间内获得病毒的全基因组序列（本过程需要2~3天）。
获得病毒全基因组序列后，通过设计引物进行PCR反应，可以对样本的核酸进行检测，来确定样本中是否含有该病毒的核酸（本过程1~2天即可）。肺泡灌洗液、咽拭子、血液等宿主来源并包含病毒的物质称病料，病毒分离时，传代细胞系、原代细胞是常用的分离方法，动物接种、鸡胚接种必要时也可用于病毒分离。分离成功的病毒，首选细胞培养的方式进行扩增，动物、鸡胚和组织也可用于病毒扩增培养，培养后的纯病毒可用于鉴定、分型、感染特性和致病特性等研究（该过程时间一般较长，但由于有SARS的经验，顺利的话3~5天）。
冠状病毒简介
冠状病毒全基因组通常含有7个开放阅读框，每相邻两基因之间存在间隔序列，5’端为非编码区帽子结构，3’端为多聚腺苷酸非编码区；从5’端起约占据全基因组的三分之二的ORF1（包含ORF1a和1b）也称为复制酶基因，负责编码16个以上与病毒复制相关的非结构蛋白；靠近3’端的4个开放阅读框，依次编码S蛋白(spike protein)、E蛋白(envelope protein)、M蛋白(membrane protein)和N蛋白(nucleoprotein)；S基因与M基因之间还含有一个非结构蛋白NS3。冠状病毒通过棘突蛋白(S)受体结合区的基因重组或突变可以实现其从野生动物到人类的宿主范围“跳跃”并导致高死亡率的疾病，如严重急性呼吸道综合征(SARS)与中东呼吸系统综合症(MERS)。虽然SARS-CoV和MERS-CoV均来源于蝙蝠，但并不是直接感染人类，而是通过中间宿主实现其跨物种传播。
疫情来源病毒相关信息
冠状病毒是一类主要引起呼吸道、肠道疾病的病原体。这类病毒颗粒的表面有许多规则排列的突起，整个病毒颗粒就像一顶帝王的皇冠，因此得名“冠状病毒”。冠状病毒除人类以外，还可感染猪、牛、猫、犬、貂、骆驼、蝙蝠、老鼠、刺猬等多种哺乳动物以及多种鸟类。目前为止，已知的人类冠状病毒共有六种。其中四种冠状病毒在人群中较为常见，致病性较低，一般仅引起类似普通感冒的轻微呼吸道症状。另外两种冠状病毒——严重急性呼吸综合征冠状病毒和中东呼吸综合征冠状病毒，也就是我们简称的SARS冠状病毒和MERS冠状病毒，可引起严重的呼吸系统疾病。引起此次疫情的新型冠状病毒不同于已发现的人类冠状病毒，对该病毒的深入了解需要进一步科学研究。
国际病毒学分类委员会报告将冠状病毒科分为四个属即α、β、γ和δ属。人冠状病毒229E、人冠状病毒NL63属于α属，人冠状病毒OC43、人冠状病毒HKU1、严重急性呼吸综合征（SARS）属于β属。一般通过全基因组序列的多重比对后构建系统进化树，可以确定分类。该新型冠状病毒属于哪一种，目前暂无报道。
