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预测模型评价第二弹—DCA分析,瞬间提升模型评价level,让审稿人无刺可挑!

2023-07-11 14:24 作者:尔云间  | 我要投稿

【零代码生信分析小工具】栏目又更新啦~ ~

模型构建是生信分析最常见、最常用的一个分析内容,基本覆盖80%以上的生信文章,那模型构建完都需要用一些指标来评价它的预测性能,常见的包括ROC曲线、C指数、校准曲线、DCA曲线等。

但大多数文章都还是只做ROC曲线分析或者C指数(区分度评价指标),好一点的会做校准曲线(校准度评价指标),相比之下DCA曲线(临床有效性评价指标)出现的频率就低多了,但同时DCA曲线也是经常被审稿人要求补充的一个模型评价指标(尤其是高分文章),所以要想提升文章中模型评价的level,不被审稿人挑出问题,最好就把DCA曲线也做上,以绝后患。

小云前面给小伙伴们分享过C指数计算工具,这次再推荐一个操作简单的DCA分析零代码小工具,特别适合生信新手小白,还是免费使用的,有需要的快来尝试用一下吧!(ps:感觉对自己有用的小伙伴麻烦点个关注哦,小云会多多更新的!)

使用零代码小工具需要登录 “云生信在线分析平台”,它包含200多个零代码分析小工具,只需上传数据,直接一键成图,超级适合生信小白使用哦。网址:http://www.biocloudservice.com/home.html ,分析平台开源、注册登录后可免费使用。下面跟着小云一起来看看吧!

DCA分析小工具分析原理

临床决策曲线分析(Decision Curve Analysis, DCA)是一种评估临床预测模

型、诊断试验和分子标记物的简单方法。传统的诊断试验指标如:敏感性,特异

性和 ROC 曲线下面积仅测量预测模型的诊断准确性,未能考虑特定模型的临床

效用,而 DCA 的优势在于它将患者或决策者的偏好整合到分析中。而这种理念

的提出满足了临床决策的实际需要,在临床分析中的应用日益广泛。因此,本软

 DCA 就是测量预测模型的生物标志物的诊断准确性和临床效用。

操作方法

Step 1 首先打开云生信在线分析平台,并登录使用。点击“DCA分析进行临床诊断和临床决策”进入小工具页面:


Step 2进入小工具页面后,可以看到上传数据选项,点击进入后,提示上传数据需要“文件名和文件格式需要和示例数据一致”。回到工具页面可以根据左上角输入数据模板制作数据。

Step 3点击“输入数据模板”,进入以下页面,可以看到给出了1个数据模板,点击数据可以在线预览和下载。

输入数据表达数据输入文件【input.txt

(第一列是样本名称,第二列是分组,第三列是基因符号,输入 txt 格式

Step 4按上面格式制作好数据后,在文件上传界面上传所有输入数据,点击上传文件。再返回到工具主页面点击“运行自有数据”即可跳转到结果展示页面。

Step 5C指数计算工具共得到2个结果图,结果会附带简单说明。可以在结果展示页面直接点击某个图进入预览页面,也可以直接下载使用。

结果说明

DCA曲线图【DCA.pdf:该图表示每个标志物临床决策变化曲线。


临床影响变化风险曲线【Clinical%20Impact%20Curve.pdf:该图表示治疗获益在不同时间内的变化趋势。


结语

这个零代码工具通过基于带有分类信息的基因表达数据,基于 DCA 算法,构建预测诊断模型,然后评价每个标志物的诊断性能和临床效用,进而将患者或决策者的偏好整合到分析中提高预测模型的准确性,为医生的临床诊断和个性化治疗提供指导。工具设置参数少,用户只需要输入有分类信息的基因表达数据,软件将自行执行DCA 算法,对每个标志物进行诊断能力和临床效用进行评价,同时还可以绘制临床决策曲线和临床影响曲线。

这简直就是为生信新手朋友量身定做的呀,感兴趣的小伙伴赶快来尝试一波吧!后面还有更多小工具推荐,敬请期待哦!








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