转录组分析<六>之问题解读（无root权限）

前面的推文详细介绍了如何使用hisat2、stringtie和DEseq2完成转录组分析。但是，在实际使用这些软件进行转录组分析的过程中常常会遇到一些问题，特别是当读者需用在学校或者公司的linux上执行相关的分析流程却没有root权限时，相关的问题会被无root权限无限的放大，因而，也更需要解读本篇介绍的相关知识。接下来，我将在下面通过问答的方式记录自己所遇到的问题或者所踩的坑，也可以给处于相同情况的数据分析者提供参考。

1 测序文件出现问题，质控不通过

遇到这种问题，首先需要思考的就是找到原始文件。因为文件在windows和linux系统间传输时如果使用ASCII码，特别容易出现问题，此时需要选用二进制文件传输方式。即使两个文件的大小完全一致，也可能会出现上述质检不通过的情况。此时，最经济的措施就是重新上传质控过的文件（确保这个文件通过质控），而不是找原因。

2 调用hisat2时出现‘/usr/bin/env: ‘python’: No such file or directory’报错

系统中又有python3命令时，只需要将hisat2-build和hisat2文件（可执行）的首行由‘!#/usr/bin/env python’替换成‘!#/usr/bin/env python3’即可。

3 编译samtools时出现‘configure: error: zlib development files not found’报错

遇到这种情况的原因是因为系统中不存在zlib或者已经编译好的zlib不在系统路径中，那么这时该怎么办呢？

首先，下载zlib包。

其次，解压zlib包，并编译通过。

再次，下载samtool。

最后，编译samtool。

此时，需要注意的是，如果你的系统环境中缺乏curses 、bz2和lzma包，则编译时系统会让你添加‘--without-curses --disable-bz2 --disable-lzma’选项。在编译中指定zlib的选项为‘CPPFLAGS=-I/home/nwq/wangjun/software/zlib-1.2.11/includeLDFLAGS=-L/home/nwq/wangjun/software/zlib-1.2.11/lib’

4 运行示例

前面的推文中分段介绍了各个软件的使用，却没有一个完整的案例将这些软件的使用串联起来，这里就用伪代码演示如何完成完整的转录组分析。

随后，即可使用DEseq2进行差异表达分析（使用方法详见这篇推文《转录组分析<四>之使用DEseq2/edgeR进行差异分析》）。

三 惯例小结

通过构建索引、生成可变剪切文件，我们就可以获得除测序文件外，所有应该被准备好的数据了。那么，接下来，就轮到正式比对啦。

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