在分子对接中，确定对接位点是一个关键的步骤。对接位点是指在目标蛋白质上选择合适的区域，用于与小分子配体进行结合。

实验确定：实验方法可以用于确定结合位点。例如，X射线晶体学、核磁共振等技术可以确定蛋白质的三维结构，从而揭示可能的结合位点。

已知配体位点：如果已经有与目标蛋白质结合的小分子配体信息，可以根据已知配体的结合位点进行对接位点的确定·。这可以通过结构生物学数据库（如PDB）中的信息获取。

保守位点分析：通过比较同源蛋白质序列的保守性，可以找到可能的结合位点。保守位点通常在结构上更稳定，因为它们在进化中起着重要的功能角色。

活性位点分析：通过分析目标蛋白质的功能区域和活性位点，可以确定可能的结合位点。例如，酶的催化位点通常是与底物结合的关键位点。

结合位点预测工具：还可以使用计算方法和软件工具来预测结合位点。这些工具根据蛋白质的物理化学性质、表面电荷等因素，进行位点预测。

通过已知的pdb数据库有配体共结晶的结构，文献报道，定点突变实验，确定了对接位点，生成对接盒子。

 对接盒子的位置：使用参考配体来确定对接盒子的位置。常见的方法包括：

1把对接盒子中心设置为参考配体的几何中心。

2也可以将对接盒子中心设置为参考配体中重要残基（如氨基酸残基）的几何中心。

3还可以根据结构域或功能区域的知识确定对接盒子的位置。

Autodock官方网址http://autodock.scripps.edu/，包括AutoDock和AutoGrid两个模块。

具体操作展示：

1、打开auto dock tools加载一个蛋白分子，然后加载一个小分子ligand，呈现棒状结构

2、在auto dock tools 里面已经打开了一个ligand小分子时，我们选择center on ligand，把对接盒子放到ligand位置。现在是可以包裹的最小盒子，如果需要设置大一点，进行手动调节，设置到大，运算时间长。

3 、在没有人为改变蛋白质和小分子结构情况下，我们加载进来，这个小分子就是在口袋里面，这是第一种情况，结构已知，有共结晶的情况。但我们寻找对接口袋并不一定需要小分子ligand。

在文献报道中，已经实验验证了这个蛋白在某位置的口袋可以结合小分子，那么可以利用他们已经确定的位点来设计我们想做的抑制剂分子。

4 、蛋白表面的这些凹陷一般就是可能存在的口袋，文献实验已经验证过的蛋白靶向口袋，通过2D相互作用图片查看哪些氨基酸位点，假如我们找到对接位点的氨基酸是以下几个，然后打开盒子移动到对接位点上，也就确定了对接口袋，这就是通过阅读别人的文献和实验来确定对接位点。

口袋中心，不用可以去确定具体坐标是多少，有个参考的就是采用活性中心的某个氨基酸残基的某个原子的坐标，然后在ADT中进行手动调节盒子的位置。

盒子的大小，需要根据蛋白活性中心的大小，以及需要对接的配体的大小，务必要比配体分子大。

以上是两种情况的分子对接位点的确定，后续还有第三种情况的具体方法在下一篇简单确定分子对接口袋-怎么确定对接盒子（二）展示，赶快来查看。

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