欢迎光临散文网 会员登陆 & 注册

CNVpytor学习日志2

2023-08-12 10:59 作者:波士顿囸脸  | 我要投稿

1.构建自定义参考数据库

2.使用自定义数据库必须创建ref_genome_conf.py.文件

3.创建conf.py之后,所有cnvpytor的命令都要加上-conf参数

例如:

创建好之后就可以开始callCNV啦

4.根据GitHub上给的基础命令,批量生成每个样本CallCNV的脚本:

用法:创建一个bam/cram文件前缀的list之后直接运行此脚本👆

CNVpytor推荐窗口参数

5.这是批量生成脚本中的一个,检测名为sample1的个体的raw_CNV

sample1.raw.cnv


CNVpytor学习日志2的评论 (共 条)

分享到微博请遵守国家法律